| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 572,528 | C→T | 6.0% | V189M (GTG→ATG) | PP_0486 ← | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 572,528 | 0 | C | T | 6.0% | 299.2 / 7.0 | 100 | V189M (GTG→ATG) | PP_0486 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/50); new base T (4/2); total (48/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGCCCCAAGTCCGA > NC_002947/572379‑572675 | gcgcAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGccac < 1:2237087/150‑1 (MQ=255) gcAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGATAGCAGGACCGCTTGCGGAGTGCCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGccacca > 1:1687161/1‑150 (MQ=255) cTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGccc < 2:953369/150‑1 (MQ=255) cGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGGTGGCCATCAGCAGcctgtc < 2:2108672/150‑5 (MQ=255) tGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCGAGGTGTGCGCACACTG‑TAGCAAGGTCGTTGAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATTTTggg < 1:275082/150‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgcgc > 1:1644272/1‑150 (MQ=255) gCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgcgc > 1:2290352/1‑150 (MQ=255) cccGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGcc > 2:198252/1‑150 (MQ=255) gtTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCgg < 2:873718/150‑1 (MQ=255) tCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGt > 1:1840655/1‑150 (MQ=255) cATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGtac > 1:204211/1‑150 (MQ=255) aTGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGtact > 1:1554950/1‑150 (MQ=255) tGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGtacta > 2:1901129/1‑150 (MQ=255) tGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGtacta < 2:1996861/150‑1 (MQ=255) ggCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGtactac < 1:1028677/150‑1 (MQ=255) cgccgcGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACctgct < 2:1644272/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGTATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTATTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGa < 1:857690/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCTCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGc > 1:1994313/1‑150 (MQ=255) 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c‑cAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGc > 2:372130/1‑130 (MQ=255) c‑cAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTa < 1:462810/150‑1 (MQ=255) cAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgc > 2:291670/1‑96 (MQ=255) cAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgc < 1:291670/96‑1 (MQ=255) gatgCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGGTGGCCATCAGCAGcctgt < 2:1412666/80‑4 (MQ=38) gatgCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGGTGGCCATCAGCAGcctgt > 1:1412666/1‑77 (MQ=38) ccGGGTAGCAGAGCGACTCGCACCGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACct < 1:2035029/102‑1 (MQ=255) 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a‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGa > 1:615752/1‑147 (MQ=255) a‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGa < 2:615752/147‑1 (MQ=255) cAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTAc > 1:1684524/1‑150 (MQ=255) aGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCACCAGAGGTCCCTTACT‑CTTCTTCGTAGCGGTTATTAGTCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCGCTGTCACATAGTCGAGTAcc > 1:634296/1‑150 (MQ=255) gctgctGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTAcc > 1:140243/1‑148 (MQ=255) gctgctGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTAcc < 2:140243/148‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGCCATCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGc > 2:1605001/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTGGCCATCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGc > 1:313033/1‑150 (MQ=255) ctgctgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGc < 2:1920439/150‑1 (MQ=255) ctgctgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGc < 2:2010705/150‑1 (MQ=255) 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accaGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTATCTGCCCCAAGTCCg < 1:178859/148‑1 (MQ=255) | GCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGC‑CAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGA‑CAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGT‑CAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGCCCCAAGTCCGA > NC_002947/572379‑572675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |