Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 591,082 | G→A | 5.4% | R109H (CGC→CAC) | PP_0501 → | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 591,082 | 0 | G | A | 5.4% | 316.4 / 3.2 | 103 | R109H (CGC→CAC) | PP_0501 | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/49); new base A (4/2); total (52/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGACT > NC_002947/590936‑591231 | tGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGt < 1:180651/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGt < 2:233903/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTg < 2:421413/150‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGc < 2:1142464/150‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCa < 1:1596571/150‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTAGCGGCGGTAGCGTAGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACACGGTGCGTACCCACCAGAAGAACTTCATCGGTACCCTCAGCGATTGAGAAGACATGCGCGTGCa > 2:14429/1‑150 (MQ=255) ggCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTACCTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATg < 2:885154/150‑1 (MQ=255) cTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGGCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCCGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCGACCAGAGTAACTTCATCGGTCCCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGc < 2:1396959/150‑1 (MQ=255) 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acgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGGAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGAAACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTg > 1:892963/3‑128 (MQ=255) acgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTg < 2:892963/126‑1 (MQ=255) aaGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGt < 1:1842868/150‑1 (MQ=255) gCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTAc < 1:18101/150‑1 (MQ=255) ccATGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTAcc > 1:1987203/1‑150 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg < 1:2220367/64‑1 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg < 1:2220371/64‑1 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg > 2:2220371/1‑64 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg > 2:2220367/1‑64 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGAccc < 2:811265/112‑1 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTg > 1:2196166/1‑150 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTg > 2:255896/1‑150 (MQ=255) aTGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTg < 2:1836964/150‑1 (MQ=255) gcgcGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGa < 1:218535/150‑1 (MQ=255) cgcgTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAc < 2:2196166/150‑1 (MQ=255) gcgTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTActaccgcg > 2:2053629/1‑143 (MQ=255) | TGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGC‑‑CGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGACT > NC_002947/590936‑591231 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |