| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 612,755 | G→C | 5.3% | P477R (CCG→CGG) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 612,755 | 0 | G | C | 5.3% | 434.0 / 11.9 | 132 | P477R (CCG→CGG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/69); new base C (3/4); total (59/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCG > NC_002947/612610‑612901 | ggCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCggccgggcc > 1:2057697/1‑150 (MQ=255) gCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGCTCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCggccgggccg > 2:563616/1‑150 (MQ=255) gCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTATTGCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCggccgggccg > 1:2290401/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt < 1:1984066/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt > 1:236998/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTAc < 2:695828/150‑1 (MQ=255) gCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTAc > 2:276912/1‑150 (MQ=255) cAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt > 1:2142477/1‑144 (MQ=255) 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ccACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCa > 2:2192561/1‑150 (MQ=255) cACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATc > 2:1056808/1‑142 (MQ=255) cACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAACGGCCCGGCCGCTGTa > 2:2325226/1‑120 (MQ=255) cACTTTTTCGCCCTGGCCGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCAGTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATc < 1:1056808/142‑1 (MQ=255) aCTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTTCCGAGCTCCGATGGTTGCGAGTCTCCGCGGAGCGGCGCGTTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCAGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGCGCATCTTgagatcg > 1:1693073/1‑144 (MQ=255) cTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAgtt < 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aCGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGcc < 1:2303836/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGAAGTTCGTTATCGTCTGTTGGGGTCATCACCAGTATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCg < 1:1450003/150‑1 (MQ=255) cgGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTc < 1:721542/150‑1 (MQ=255) gggTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTcc > 1:1432597/1‑150 (MQ=255) tACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTGGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGt > 2:1384228/1‑137 (MQ=255) tACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTGGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGt < 1:1384228/137‑1 (MQ=255) tACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCg > 2:664149/1‑150 (MQ=255) acctgTACAACGGCCCGGCCGCTGTACGGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCAc > 1:1628171/5‑83 (MQ=25) acctgTACAACGGCCCGGCCGCTGTACGGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCAc < 2:1628171/79‑1 (MQ=25) aCCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGc < 1:1730103/150‑1 (MQ=255) gTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGcc < 1:721600/148‑1 (MQ=255) gTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGcc > 2:721600/1‑148 (MQ=255) tACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACCGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGAc < 1:2221303/150‑1 (MQ=255) tACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGAc > 2:214224/1‑150 (MQ=255) tACAACGGCCCGGCCGCTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATg < 2:680450/94‑1 (MQ=255) gccgggccgTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCg < 1:664149/150‑1 (MQ=255) | GGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCG > NC_002947/612610‑612901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |