Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 638,745 | A→T | 6.6% | L16Q (CTG→CAG) | PP_0550 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 638,745 | 0 | A | T | 6.6% | 277.4 / 9.2 | 90 | L16Q (CTG→CAG) | PP_0550 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/44); new base T (4/2); total (44/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
CCCGCCCGGCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCTTGT > NC_002947/638596‑638894 | cccgcccgGCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTGTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCa < 1:2043946/150‑1 (MQ=255) gcccgGCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGAc > 2:1964630/1‑150 (MQ=255) gcccgGCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGAc > 1:787527/1‑150 (MQ=255) cgGCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCgg > 1:528744/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTTAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGt < 1:1214619/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGt < 2:1096379/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGt < 1:546243/150‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTcc < 2:391933/150‑1 (MQ=255) ggaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCTGACCGGTgaa < 2:1209224/143‑3 (MQ=255) ggaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCTGACCGGTgaa > 1:1209224/1‑141 (MQ=255) gaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGGTCATTGAGCAAGCAGTCGAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCaa < 1:990009/150‑1 (MQ=255) gaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCTGACCGGTgaacac < 2:601663/145‑6 (MQ=255) gaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCTGACCGGTgaacac > 1:601663/1‑140 (MQ=255) gaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCaa > 2:69757/1‑150 (MQ=255) gaaggaaTACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCaa > 2:944762/1‑150 (MQ=255) tACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGAc > 1:922809/1‑150 (MQ=255) gggTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGa < 1:2081309/150‑1 (MQ=255) ggatagCCCTCCGAGGTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCAAATGGCCGACGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGa < 2:1028990/145‑1 (MQ=255) 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cGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTccc < 1:1641925/150‑1 (MQ=255) gggTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCt > 2:2307178/1‑150 (MQ=255) ggTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTc > 1:2241110/1‑102 (MQ=255) ggTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTc < 2:2241110/102‑1 (MQ=255) gTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGTTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTg < 2:1121915/150‑1 (MQ=255) gTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTc < 1:2088979/127‑1 (MQ=255) gTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTc > 2:2088979/1‑127 (MQ=255) tCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGTGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTac > 1:2276758/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTac > 2:1801770/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTac > 2:285346/1‑150 (MQ=255) gcGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTac < 2:1647219/149‑1 (MQ=255) 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ccGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTa > 1:2055068/1‑150 (MQ=255) ggCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTagt < 1:1496030/150‑1 (MQ=255) tgtAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTagtgagt > 2:352025/1‑150 (MQ=255) gtAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCCCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTTTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGTACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTagtgagtg > 1:1045279/1‑150 (MQ=255) aGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCa < 2:124784/65‑1 (MQ=255) aGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCa > 1:124784/1‑65 (MQ=255) 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cAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTgg < 2:2025934/131‑1 (MQ=255) cAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTgg > 1:2025934/1‑131 (MQ=255) gtgtTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTCTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGc > 2:1952652/1‑150 (MQ=255) tgtTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTa > 1:2046176/1‑141 (MQ=255) tgtTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTa < 2:2046176/141‑1 (MQ=255) ccACCGGTCTGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGcttct > 2:588631/2‑150 (MQ=255) ccACCGGTCTGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGcttct > 1:982159/2‑150 (MQ=255) cgcgaaGACCGGGGGCTCGGGCAAGAAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCgg > 2:1842787/6‑150 (MQ=255) gTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGTCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCt < 2:2059114/150‑1 (MQ=255) gTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCt > 1:1838648/1‑150 (MQ=255) gTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCt < 2:528744/150‑1 (MQ=255) gTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGCACATACTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCt > 1:1054254/1‑150 (MQ=255) tCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCtt < 1:110829/150‑1 (MQ=255) aGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCttgt > 2:627620/1‑150 (MQ=255) aGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCttgt > 2:804554/1‑150 (MQ=255) | CCCGCCCGGCCAGTTGCGGAAGGAATACCGCCGGGTCGCCCACCGGGTTTTCCAGGTGCGGGTGCTCGGCCAATGGCCGGCGTGTAGGCGCCAGGACACGGGTGATGGTGGGCTCGTTGAGCAGGCGGTCTAGCAGGTGTTCACCGGTCAGACCGGTGGCTCCGGCAAGCAGGACATGCTGAGGCGTCAAGTACATGATGTCTCTCCCTTGTTACACTCAAGTCTAGTGAGTGCCGGGCATTTTTGCCTGCTTGCTCACGTTGGCCTGTGTGGCGTTACGCAACGCTTCTTCGGCTTGT > NC_002947/638596‑638894 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |