| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 730,239 | C→T | 5.6% | intergenic (+25/‑225) | yfiH → / → clpB | protein YfiH/chaperone protein ClpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 730,239 | 0 | C | T | 5.6% | 301.6 / 4.9 | 100 | intergenic (+25/‑225) | yfiH/clpB | protein YfiH/chaperone protein ClpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/47); new base T (2/4); total (49/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCCGTGGCGTGACTGCTGTTTATGGCGGTGGCTTGTGCACGGTCAGTGATGCGCGGTTCTTCTCCTATCGCCGTACCCCGCAGGGTGGGCGTTTTGCATCGTTGGTCTGGCTGGACCCGCGCTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCAGCCTTAT > NC_002947/730090‑730382 | cccGTGGCGTGACTGCTGTTTATGGCGGTGGCTTGTGCACGGTCAGTGATGCGCGGTTCTTCTCCTATCGCCGTACCCCGCAGGGTGGGCGTTTTGCATCGTTGGTCTGGCTGGACCCGCGCTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCAc < 2:548384/150‑1 (MQ=255) gTGGCGTGACTGCTGTTTATGGCGGTGGCTTGTGCACGGTCAGTGATGCGCGGTTCTTCTCCTATCGCCGTACCCCGCAGGGTGGGCGTTTTGCATCGTTGGTCTGGCTGGACCCGCGCTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGcc > 1:944059/1‑150 (MQ=255) gTGACTGCTGTTTATGGCGGTGGCTTGTGCACGGTCAGTGATGCGCGGTTCTTCTCCTATCGCCGTACCCCGCAGGGTGGGCGTTTTGCATCGTTGGTCTGGCTGGACCCGCGCTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGcga < 2:793607/150‑3 (MQ=255) 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ccGCGCTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTaa > 2:151924/1‑150 (MQ=255) gcgcTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGc > 1:351318/1‑150 (MQ=255) gcgcTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTAAACCCCGCTacga > 1:366617/1‑147 (MQ=255) gcTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCtt > 1:1390646/1‑150 (MQ=255) gcTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCtt < 1:111074/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGTTTTTCCTGTGGGGGCGAGCGGGGCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGa > 1:1917825/1‑150 (MQ=39) tAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACa > 2:1387133/1‑119 (MQ=255) tAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACa < 1:1387133/119‑1 (MQ=255) tAGCCCGTACCGGCCTGTGCGCGGGCACGCGCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCGGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGa < 2:2318998/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTGAGCTTGaa < 2:1728011/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGaa < 2:760213/150‑1 (MQ=255) cTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCt > 1:1375995/1‑150 (MQ=255) cTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCt > 1:299199/1‑150 (MQ=255) gTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTc < 2:2278089/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGa > 2:1929116/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTTTACCAGCAAAGTGACTTTGGTCAACCCGGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCa > 1:1106168/1‑150 (MQ=38) ctTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCAGc < 2:1979294/150‑1 (MQ=255) ggagcgGGCGTGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCtt < 1:1138593/128‑1 (MQ=255) ggagcgGGCGTGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCtt > 2:1138593/4‑131 (MQ=255) cgGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATGCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCAGCCTTAt < 2:1138094/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCAGc < 1:1964359/144‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCAGc > 2:1964359/1‑144 (MQ=255) | CCCGTGGCGTGACTGCTGTTTATGGCGGTGGCTTGTGCACGGTCAGTGATGCGCGGTTCTTCTCCTATCGCCGTACCCCGCAGGGTGGGCGTTTTGCATCGTTGGTCTGGCTGGACCCGCGCTAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGATTCCGCAAACGTTGAAACTGGTGGTGTACCTGTGGGGGCGAGCATGCCCGCGAATGGCCCCCGTTAATCCAACAGGTTGACTTTGGTCAACCCCGCTAAGCTTGAATCTTCCAGAATCAGCCTTAT > NC_002947/730090‑730382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |