| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 836,219 | G→T | 5.1% | intergenic (‑138/+39) | PP_0718 ← / ← ychF | sulfate transporter/ribosome‑associated potassium‑dependent ATP/GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 836,219 | 0 | G | T | 5.1% | 311.1 / 2.1 | 99 | intergenic (‑138/+39) | PP_0718/ychF | sulfate transporter/ribosome‑associated potassium‑dependent ATP/GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/42); new base T (2/3); total (52/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GGGTTGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTGAACTGGAT > NC_002947/836070‑836368 | gggTTGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCTGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAgcg > 2:194706/1‑150 (MQ=255) ttGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCaa < 2:2090404/150‑1 (MQ=255) ggggCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGc > 1:546404/1‑150 (MQ=255) gCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTc > 2:2129900/1‑150 (MQ=255) ttcaagggtgaagccggtgccaaggaagccggtaagtggcgtctggaaggcaaagactacatcgtcaaagacggcgacgtgatgcacttccgctttaacgtctaagcggtaacctgcagcacacacA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCa < 1:233613‑M1/24‑1 (MQ=255) tGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAg > 2:700617/1‑150 (MQ=255) aagggtgaagccggtgccaaggaagccggtaagtggcgtctggaaggcaaagactacatcgtcaaagacggcgacgtgatgcacttccgctttaacgtctaagcggtaacctgcagcacacacA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAgg > 2:664374‑M1/124‑150 (MQ=255) agggtgaagccggtgccaaggaagccggtaagtggcgtctggaaggcaaagactacatcgtcaaagacggcgacgtgatgcacttccgctttaacgtctaagcggtaacctgcagcacacacA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAggg > 2:233613‑M1/123‑150 (MQ=255) gtCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGt < 2:229869/150‑1 (MQ=255) cGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGttt < 2:2070907/150‑1 (MQ=255) ggCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTtg > 2:2058612/1‑150 (MQ=255) ctGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTtgtgtg < 1:2058612/150‑1 (MQ=255) cGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGtgctg < 1:2334900/150‑1 (MQ=255) gagaAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGtgctgc < 1:700617/150‑1 (MQ=255) gaAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAg > 1:1473603/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGt < 1:843508/150‑1 (MQ=255) tGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCt < 2:1182112/150‑1 (MQ=255) taagtggcgtctggaaggcaaagactacatcgtcaaagacggcgacgtgatgcacttccgctttaacgtctaagcggtaacctgcagcacacacA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTtgt < 1:277405‑M1/34‑1 (MQ=255) taagtggcgtctggaaggcaaagactacatcgtcaaagacggcgacgtgatgcacttccgctttaacgtctaagcggtaacctgcagcacacacA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTtgt > 2:277405‑M1/95‑128 (MQ=255) aaCCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTa < 2:1210072/150‑1 (MQ=255) ccTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCa > 2:1889550/1‑136 (MQ=255) ccTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCa < 1:1889550/136‑1 (MQ=255) cTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGAc < 2:1474861/150‑1 (MQ=255) tCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCaa > 1:261974/1‑115 (MQ=255) tCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCaa < 2:972991/115‑1 (MQ=255) tCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCaa > 1:972991/1‑115 (MQ=255) tCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCaa < 2:261974/115‑1 (MQ=255) tCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACg > 1:1836659/1‑150 (MQ=255) cAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGt < 2:1473603/150‑1 (MQ=255) aTGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCgg < 2:1758656/150‑1 (MQ=255) 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aaaacaa‑‑aacCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCg > 2:990619/1‑150 (MQ=255) aacaa‑‑aacCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGc > 1:1727738/1‑113 (MQ=255) aacaa‑‑aacCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGc < 2:1727738/113‑1 (MQ=255) acaa‑‑aacCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCt < 2:1603814/150‑1 (MQ=255) caa‑‑aacCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAgg < 2:2154768/48‑1 (MQ=255) caa‑‑aacCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAgg > 1:2154768/1‑48 (MQ=255) AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAATTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCAc > 2:777893‑M1/1‑150 (MQ=255) AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCAc > 2:1252178‑M1/1‑150 (MQ=255) CCCTTGAAGCCCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCt < 1:497351‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCtt > 1:990619‑M1/1‑150 (MQ=255) CTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTg < 1:92022‑M1/150‑1 (MQ=255) TGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTGaa > 2:2187777‑M1/1‑150 (MQ=255) AAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTGAACt < 2:362432‑M1/150‑1 (MQ=255) gcAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTGAACTGGAt < 1:995938/150‑1 (MQ=255) gcAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTGAACTGGAt < 1:36003/150‑1 (MQ=255) | GGGTTGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAGGCGGGGGCCGCTTTGCGGCCTGGCACGACGCAAGGCCGCCCCTGCCAAGGGCGCGCATGTCTGGGCAAAACAA‑‑AACCCCTTGAAGCGCAAGCCTCAAGGGGTTTGTGTGTGCTGCAGGTTACCGCTTAGACGTTAAAGCGGAAGTGCATCACGTCGCCGTCTTTGACGATGTAGTCTTTGCCTTCCAGACGCCACTTACCGGCTTCCTTGGCACCGGCTTCACCCTTGAACTGGAT > NC_002947/836070‑836368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |