| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,068,111 | T→G | 5.3% | W92G (TGG→GGG) | PP_0926 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,068,111 | 0 | T | G | 5.3% | 377.1 / 10.3 | 132 | W92G (TGG→GGG) | PP_0926 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/72); new base G (3/4); total (56/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CGCAGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCAT > NC_002947/1067962‑1068259 | cGCAGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCt < 2:695546/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTg > 1:288767/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGgc < 1:2058163/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGgc < 2:1979610/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCCGCATCTACCACGCCGCCCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCCTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGgc < 1:918711/150‑1 (MQ=255) aTTCAACGTCTGCATGCTGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGccc > 1:705153/1‑150 (MQ=255) ttCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCg < 2:1356286‑M2/150‑2 (MQ=255) cAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgat > 1:526259‑M2/1‑147 (MQ=255) aaCGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatg < 2:868689‑M2/150‑5 (MQ=255) aaCGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatg > 1:2025297‑M2/1‑146 (MQ=255) tGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGAc > 2:274173/1‑150 (MQ=255) tGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGAc < 1:1018633/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGTT‑GCAGCCCGATGGCCGACCgg < 2:207673/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCggg < 2:288767/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCa < 2:1235138/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTgg > 2:1738752/1‑124 (MQ=255) ggCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTgg < 1:1738752/124‑1 (MQ=255) gcgcTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATc < 2:2168929/150‑1 (MQ=255) ctgctCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATGTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCgg > 1:1060089/1‑141 (MQ=255) ctgctCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATCTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCgg < 2:1060089/141‑1 (MQ=255) gctCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑Ac > 2:82523/1‑150 (MQ=255) ctctTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatgg > 1:783630‑M2/1‑125 (MQ=255) ctctTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatgg < 2:783630‑M2/130‑6 (MQ=255) ctctTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCAGCTGGC‑CCACCCCGATTGCCGACCGGAGCATCTAT‑Acc > 2:481069/1‑150 (MQ=255) 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aTTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATgg > 1:223472/1‑128 (MQ=255) gCCGGGGGCCTGGCCATATGGC‑GAAGCCGGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCCGCAACACCGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCa < 2:713612/150‑1 (MQ=255) ggggCATGGCCATCTGGA‑GCCGCACGCTGGAGGCCCGGGGCATCTAT‑ACCCAGAGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGcc < 2:1288123/150‑1 (MQ=255) ggCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTg < 2:643109/150‑1 (MQ=255) gCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTgg > 2:800877/1‑150 (MQ=255) aTGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatggccgtgccccaggcaatg > 1:1418813‑M2/1‑20 (MQ=255) aTGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatggccgtgccccaggcaatg < 2:1418813‑M2/42‑23 (MQ=255) ggCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCAt < 1:125954/150‑1 (MQ=255) gCCATCTGGC‑GCAGCCCgatggccatgccccaggcaatggcgaaaccgaccagggtggcgacgatgaaatacaggatgacaccgggcttgaccgctgcggccaggtcggcgtggtagatgccgaggaagagcagcgccggcatgcagacg < 1:907853‑M2/150‑134 (MQ=255) gCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATc > 2:1121503/1‑150 (MQ=255) aTCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATc > 1:598570/1‑147 (MQ=255) aTCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTc > 2:1214980/1‑150 (MQ=255) cTGGC‑GCAGACCACTGGCCGACCGGGGCATCTAT‑CCCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACCACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCAt < 1:481069/150‑1 (MQ=255) | CGCAGCTGGTATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCAT > NC_002947/1067962‑1068259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |