| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,068,121 | C→A | 6.4% | P95Q (CCG→CAG) | PP_0926 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,068,121 | 0 | C | A | 6.4% | 402.3 / 9.9 | 127 | P95Q (CCG→CAG) | PP_0926 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/68); new base A (3/5); total (53/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGC > NC_002947/1067972‑1068270 | ttCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCg < 2:1356286‑M2/150‑2 (MQ=255) cAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgat > 1:526259‑M2/1‑147 (MQ=255) aaCGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatg < 2:868689‑M2/150‑5 (MQ=255) tGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGAc < 1:1018633/150‑1 (MQ=255) tGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGAc > 2:274173/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGTT‑GCAGCCCGATGGCCGACCgg < 2:207673/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCggg < 2:288767/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGc > 2:1764455/1‑150 (MQ=255) cGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTTGACATGCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCa > 1:145617/1‑150 (MQ=255) cGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCa < 2:1235138/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCAt < 2:485713/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATc < 2:2168929/150‑1 (MQ=255) ctgctCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATGTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCgg > 1:1060089/1‑141 (MQ=255) gctCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑Ac > 2:82523/1‑150 (MQ=255) ctctTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCgatgg < 2:783630‑M2/130‑6 (MQ=255) ctctTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCAGCTGGC‑CCACCCCGATTGCCGACCGGAGCATCTAT‑Acc > 2:481069/1‑150 (MQ=255) ctTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGTCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCa < 2:808493/150‑1 (MQ=255) ttCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCACGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAg > 2:663101/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAg > 1:362948/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAg < 2:1983583/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCATTTGCCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAggg < 1:130355/150‑1 (MQ=255) cATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCtt > 1:1961384/1‑150 (MQ=255) aTCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCGGGC‑TGCGCCAgatggccatgccccaggcaatg < 1:2208653‑M2/135‑23 (MQ=255) 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gCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGtgtg < 2:362948/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGa < 1:663101/150‑1 (MQ=255) cGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGAt > 1:1613178/1‑150 (MQ=255) gCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATc > 2:114372/1‑150 (MQ=255) gCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGc < 1:648093/150‑1 (MQ=255) aGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGTCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGT‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCta > 2:1636556/1‑103 (MQ=255) aGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGTCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGT‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCta < 1:1636556/103‑1 (MQ=255) cccGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGcctggccctg < 2:705153/150‑1 (MQ=255) ggTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCGGGC‑TGCGCCAgatggccatgccccaggcaatggcgaaa > 1:1347706‑M2/1‑77 (MQ=255) ggTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCGGGC‑TGCGCCAgatggccatgccccaggcaatggcgaaa < 2:1347706‑M2/105‑29 (MQ=255) tgtCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCAGGGCCAGgccga < 2:124073/150‑2 (MQ=255) aTCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGc < 2:971798/132‑1 (MQ=255) 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aTTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATgg > 1:223472/1‑128 (MQ=255) aTTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTc < 1:964595/150‑1 (MQ=255) ggggCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGcc < 2:716849/150‑1 (MQ=255) ggggCATGGCCATCTGGA‑GCCGCACGCTGGAGGCCCGGGGCATCTAT‑ACCCAGAGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGcc < 2:1288123/150‑1 (MQ=255) ggCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTg < 2:643109/150‑1 (MQ=255) 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ATTCAACGTCTGCATGCCGGCGCTGCTCTTCCTCGGCATCTACCACGCCGACCTGGCCGCAGCGGTCAAGCCCGGTGTCATCCTGTATTTCATCGTCGCCACCCTGGTCGGTTTCGCCATTGCCTGGGGCATGGCCATCTGGC‑GCAGCCCGATGGCCGACCGGGGCATCTAT‑ACCCAGGGCGCCTTCCGCGGCAACAACGGTGTGATCGGCCTGGCCCTGGCCGCCAGCCTGTACGGTGACTATGGCATTTCCCTGGGGGCGGTACTCGCAGGCCTGGTCATCCTCATGTACAACTCGC > NC_002947/1067972‑1068270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |