Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,376,328 | G→C | 6.0% | intergenic (+31/+18) | kup → / ← PP_1201 | potassium transport system protein Kup/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,376,328 | 0 | G | C | 6.0% | 262.0 / 6.4 | 83 | intergenic (+31/+18) | kup/PP_1201 | potassium transport system protein Kup/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/40); new base C (2/3); total (40/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
CGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTACTGCCGT > NC_002947/1376184‑1376477 | ggcTGGCGGGGCAACCTGTTCGAGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCgg < 2:762733/149‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGTCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCgg < 1:921713/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGc < 2:690149/150‑1 (MQ=255) gggggCACACTGTCGGCGTGCTTGCCGCATCATGCCAACGGCCACTGGCGCTTTTGCAACGTGTCGTTGAGCCGGGTGAGCGAGCTAGGGACCCAGGCCGAGACCTCAATGGGGTTATCCAGCGGGCGCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGa < 2:143148/149‑1 (MQ=255) cGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGGAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGa < 1:393524/150‑1 (MQ=255) cGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGa < 2:389863/150‑1 (MQ=255) cGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGa < 2:100812/150‑1 (MQ=255) cGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGAAGGCTCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGa < 2:1704600/150‑1 (MQ=255) gggCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGc < 1:172792/150‑1 (MQ=255) cAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCTCTGCGGCCGTGAg < 2:942677/146‑1 (MQ=255) cAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGAg > 1:942677/1‑146 (MQ=255) cAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGAGCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCtt < 2:491904/150‑1 (MQ=255) tCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTc > 2:1157165/1‑150 (MQ=255) 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agcagGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAg > 1:1090523/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTtctc > 2:94447/1‑113 (MQ=255) tCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTtctc < 1:94447/113‑1 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCa > 2:515835/1‑132 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCa < 1:515835/132‑1 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa < 2:1602366/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |