| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,443,881 | C→A | 5.3% | Q104H (CAG→CAT) | PP_1262 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,443,881 | 0 | C | A | 5.3% | 286.3 / 2.1 | 87 | Q104H (CAG→CAT) | PP_1262 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/42); new base A (2/3); total (42/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCGAGTCGGGCAGTTCGGTGGCCAGCACGATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGCGTCGCTGGCTTCGGCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGC > NC_002947/1443735‑1444029 | cccGAGTCGGGCAGTTCGGTGGCCAGCACGATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTgg < 2:629093/150‑1 (MQ=255)cccGAGTCGGGCAGTTCGGTGGCCAGCACGATGGAGAAGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTgg < 1:1654022/150‑1 (MQ=255) tCGGGCAGTTCGGTGGCCAGCACGATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGAcc < 1:777490/150‑1 (MQ=255) gCAGTTCGGTGGCCAGCACGATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAg > 1:469637/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCCAGCACGATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATc < 2:1757167/150‑1 (MQ=255) gCACGATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCt > 2:2203035/1‑150 (MQ=255) gATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCaa > 1:682325/1‑150 (MQ=255) gATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCaa < 2:1486250/150‑1 (MQ=255) gATGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCCTCaa < 1:2282979/150‑1 (MQ=255) aTGGAGACGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAAc > 1:1304598/1‑150 (MQ=255) agaCGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAAt > 2:315193/1‑135 (MQ=255) agaCGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAAt < 1:315193/135‑1 (MQ=255) gaCGTCATAACCCTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGccc > 2:128199/1‑150 (MQ=255) gaCGTCATAACCCTCGTCGAACAGATCGCGCACGCGGTTGGCCATAGTCAAATCGAATTTCACGTCCGGTTGCGTTTCGCGGTAGCAGTCGATAGCATCTACCACGACGTGCTGGCCGGCCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGccc < 2:523006/150‑1 (MQ=255) cccTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGa > 1:1011804/1‑109 (MQ=255) cccTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGa < 2:1011804/109‑1 (MQ=255) ccTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGgcgcg > 2:1313124/1‑150 (MQ=255) ccTCGTCGAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGgcgcg > 2:154369/1‑150 (MQ=255) cgtcgAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCAt < 1:2203035/150‑1 (MQ=255) tcgAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGcc > 2:226878/1‑133 (MQ=255) tcgAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGcc < 1:226878/133‑1 (MQ=255) gAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGc < 1:925014/150‑1 (MQ=255) gAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGc < 2:1304598/150‑1 (MQ=255) gAGCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGGGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGCTGGCATCGACCCCGAACTGCTGGCACATTGCAGCAAAGGAATGGCCCTTCGACGCCCCGGCCGGGCGCGCATGGGc > 2:1092236/1‑150 (MQ=255) gAGCAGATCGGGCACGCGGTGGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGc < 1:2336887/150‑1 (MQ=255) gCAGATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGCGt > 1:783010/1‑150 (MQ=255) gATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCccggc > 1:538142/1‑130 (MQ=255) gATCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCccggc < 2:538142/130‑1 (MQ=255) aTCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGCCCACTTAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCTGCCGGGCGCGCATGGGCGTCGCt > 1:987843/1‑150 (MQ=255) aTCGGGCACGCGGTTGGCCATGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCccggcc > 2:1032695/1‑130 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tGGTCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGTGCGTCGCTGGCTTCGGCCTCGGcttctt < 2:76725/150‑1 (MQ=255) tCAAATCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGCGTCGCTGGCTTCGGCCTCGGCTTCTTCGa > 1:65265/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGCGTCGCTGGCTTCGGCCTCGGCTTCTTCGACGTAg < 2:783010/150‑1 (MQ=255) tCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGCGTCGCTGGCTTCGGCCTCGGCTTCTTCGACGTAg < 2:469637/150‑1 (MQ=255) tCGAAGGTCACGTCCGGGTGCGTTTCGCGGTAGCGGGCGATGGCATCGACCACGAAGTGCTGGCCGACCCCAGTCATCGAATGCACCTTCAACTGCCCGGCCGGGCGCGCATGGGCGTCGCTGGCTTCGGCCTCGGCTTCTTCGACGTAg < 1:806414/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |