| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,712,993 | T→A | 5.4% | intergenic (+34/‑106) | adk → / → tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,712,993 | 0 | T | A | 5.4% | 332.5 / 8.7 | 110 | intergenic (+34/‑106) | adk/tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/53); new base A (3/3); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTC > NC_002947/1712846‑1713142 | gATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTg > 1:1237618/1‑150 (MQ=255) ccAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTAGGTTGAAGCGATCACAGCCAAGGTACTGGAAGGCGTGAGCTGATGCGGCGCCTGACGCACCTCGAAAACGGCACGATTGCGTGcggg > 2:899459/1‑147 (MQ=255) cAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCAAGCGGGCCGtt < 1:1371429/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcggcAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCACGACAACGGCCCGCAAGCGGGCCGtt < 2:1089349/128‑1 (MQ=255) cggcAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAgcgc < 1:69385/150‑1 (MQ=255) gcAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCCGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGCCCGCGGCCCTTTGTTCGCCGCACACCGccc > 2:372587/1‑150 (MQ=255) aaGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGccccc > 2:2045025/1‑150 (MQ=255) cGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAg > 1:533549/1‑150 (MQ=255) 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tGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCAtt > 2:1826623/1‑110 (MQ=255) gACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGa > 2:1851371/1‑133 (MQ=255) gACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCAGGGCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTg > 1:2176705/1‑150 (MQ=255) aCGCCCCTCGACACCGCCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTgg < 1:845946/150‑1 (MQ=255) cACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATa < 1:299761/150‑1 (MQ=255) ccTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATAcc < 2:1480518/150‑1 (MQ=255) ccTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATAcc < 1:2249050/150‑1 (MQ=255) tCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACCCAACGCCGATAAAGCGCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGc < 1:282414/150‑1 (MQ=255) gACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTAGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCa < 1:1809958/150‑1 (MQ=255) aCAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCAc > 1:2023878/1‑150 (MQ=255) aCAACGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCAc > 2:1969502/1‑150 (MQ=255) cAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCAcc > 1:1718709/1‑150 (MQ=255) cGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGaa < 1:472798/150‑1 (MQ=255) cGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGaa < 2:1237618/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGctct < 1:1049373/85‑1 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGctct > 2:1049373/1‑85 (MQ=255) gCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGc < 2:1141655/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATa > 2:2204020/1‑135 (MQ=255) ccGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATa < 1:2204020/135‑1 (MQ=255) cGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTg < 2:593004/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGTCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCCCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTc < 2:2059706/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTc > 2:1404590/1‑150 (MQ=255) | GATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTC > NC_002947/1712846‑1713142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |