| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,788,663 | C→G | 7.6% | L32V (CTG→GTG) | uppS → | (2E,6E)‑farnesyl‑diphosphate specific ditrans,polycis‑undecaprenyl‑diphosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,788,663 | 0 | C | G | 7.6% | 291.4 / 13.9 | 92 | L32V (CTG→GTG) | uppS | (2E,6E)‑farnesyl‑diphosphate specific ditrans,polycis‑undecaprenyl‑diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/38); new base G (4/3); total (51/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
TCAAAGCCAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGATG > NC_002947/1788520‑1788812 | tCAAAGCCAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCg > 1:324374/1‑150 (MQ=255)tCAAAACCAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGCCACACCGCCTGCTGCCCg > 2:166880/1‑150 (MQ=255) aGCCAAGGAAAAGGACCTGCCGGCCGTCTCAGAACGGCGGCGCATAAGGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGt > 2:1779141/1‑150 (MQ=255) ccAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTgg > 1:516970/1‑150 (MQ=255) ccAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTgg > 1:2116003/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAACCACCGAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGGTGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCgg < 2:426975/150‑1 (MQ=255) ggAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCgg > 1:746983/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATAGCAACAACCGCTGGGCGAAAACACGCCTGCTGCCCGGCGTGGcccg > 2:95189/1‑148 (MQ=255) ccatcagcgcaccgacctcttcggcagggcgctgccagttctcgctggagaaggcgaacagggtcagtacctcgaccccggacttggcacagacttcgatgaccgcgcgaacggcatccacaccCGCCTTGTGCCCGGCGTGGCCGGGca > 2:1253760‑M1/125‑150 (MQ=255) aaGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGcac > 2:1067617/1‑150 (MQ=255) tGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCgg > 1:2169445/1‑150 (MQ=255) gcaccgacctcttcggcagggcgctgccagttctcgctggagaaggcgaacagggtcagtacctcgaccccggacttggcacagacttcgatgaccgcgcgaacggcatccacaccCGCCTTGTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCgg > 2:1278812‑M1/117‑150 (MQ=255) aTGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGgt < 2:746983/150‑1 (MQ=255) gCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGtgtg < 2:1040202/150‑1 (MQ=255) gTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGAt < 1:2032054/150‑1 (MQ=255) cTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGc < 2:2218126/121‑1 (MQ=255) cTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGc > 1:2218126/1‑121 (MQ=255) ccGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTcg > 1:2255167/1‑150 (MQ=255) gggTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTcgcgc < 2:2255167/150‑1 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aaGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGTCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCtgt < 1:1779141/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGcc < 1:148274/150‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCaa > 2:998773/1‑150 (MQ=255) aGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTc > 2:1271841/1‑123 (MQ=255) aGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTc < 1:1271841/123‑1 (MQ=255) aGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGt > 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< 1:166880/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGAc < 2:561273/150‑1 (MQ=255) gcgTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTTTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGtt < 1:2301143/150‑1 (MQ=255) gcgTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAgg < 2:1141836/137‑1 (MQ=255) gcgTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAgg > 1:1141836/1‑137 (MQ=255) cgTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTc < 2:324374/150‑1 (MQ=255) tCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGc > 2:1046801/1‑150 (MQ=255) cATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGcc < 2:2164812/150‑1 (MQ=255) tGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCtt < 1:2061990/150‑1 (MQ=255) tCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGc < 1:1199594/73‑1 (MQ=255) tCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGc > 2:1199594/1‑73 (MQ=255) tCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTtct > 2:366763/1‑150 (MQ=255) 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aaaCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGt > 2:610635/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCt < 2:2198318/69‑1 (MQ=255) aaCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCt > 1:2198318/1‑69 (MQ=255) cCGCCTTGTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgc < 2:742380‑M1/149‑1 (MQ=255) aCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgc < 1:897394/150‑1 (MQ=255) GCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgcgc > 2:1397863‑M1/1‑150 (MQ=255) GCCTGCGGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgcgc > 2:516970‑M1/1‑150 (MQ=255) TGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGa < 1:2244900‑M1/150‑1 (MQ=255) TGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCGGCCGAAGAGGTCggggcgcggg < 2:2254679‑M1/150‑4 (MQ=255) ctgcCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGATg < 1:874017/150‑1 (MQ=255) ctgcCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGATg < 2:1059481/150‑1 (MQ=255) | TCAAAGCCAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGATG > NC_002947/1788520‑1788812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |