| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,859,162 | C→G | 7.3% | intergenic (+40/+61) | PP_1661 → / ← PP_1662 | dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,859,162 | 0 | C | G | 7.3% | 296.5 / 13.5 | 97 | intergenic (+40/+61) | PP_1661/PP_1662 | dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/46); new base G (2/5); total (45/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGGTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCGTTATGGAACATGCCCACCAGT > NC_002947/1859014‑1859310 | aGGTGAGTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGAAGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCgca < 1:366844/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGACCTGTCATGGCAACCCCCCGATGCTCCGGCAATGCAGCAGCAttt > 1:559794/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCTGTGCATCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGTTCCGGCAATGCCGCAGCAtttt < 2:299995/150‑1 (MQ=255) 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aTCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGGT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCAc > 2:857139/1‑150 (MQ=255) tCAATGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATTGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACt < 1:811453/150‑1 (MQ=255) aaTGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGa < 2:1157917/150‑1 (MQ=255) tGACGACCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGGAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGc < 2:119267/150‑1 (MQ=255) acgacCTGGACGGGCGTTACGGGGCTGGCCTGAGCGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGccc < 1:385821/150‑1 (MQ=255) 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gagcctaaaCCTCGGCATCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAg < 2:1333668/143‑1 (MQ=255) cGATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGAAACGCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGt < 1:1230387/150‑1 (MQ=255) gATAACCTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTc > 2:2101375/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACTATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATtgt > 2:616753/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCAGCCTGTCGGTAGAGGTGCGTT‑‑TCGGGGCGGTGTAGGCCCTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTCGCCCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCTCCGCAATGGGCAGGGTCATtgt < 1:1696484/150‑1 (MQ=255) 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cccTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTg < 1:2233938/150‑1 (MQ=255) ccTGTCATGGCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTgg < 1:1325364/150‑1 (MQ=255) tcagtgagCAACCCCAAAATGCTGCGGCATTGCCGGAGCATCGTGGGGTTGCCCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGgtg > 2:1886164/8‑150 (MQ=25) ggCAACCCCACTATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTc < 1:616753/150‑1 (MQ=255) gCAACCCCACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCg > 2:1245205/1‑150 (MQ=255) 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cccACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTc < 1:400459/150‑1 (MQ=255) ccACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGCGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCg < 1:570396/150‑1 (MQ=255) caaaaTGCTGCGGCATTGCCGGAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAgg < 2:2104617/77‑1 (MQ=37) caaaaTGCTGCGGCATTGCCGGAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAgg > 1:2104617/5‑81 (MQ=25) cACGATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCAGGTCTTCAAGCTCAACGAGGTATTGGTGTGCTTCGTGTTCGt < 2:1677191/150‑1 (MQ=255) gATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCa < 2:1997225/105‑1 (MQ=255) gATGCTCCGGCAATGCCGCAGCATTTTGGGGTTGCTCACTGAGCCCAGGCGAGTCAGGGGTTCGCCGCAATGGGCAGGGTCATTGTGTGGCGCGCTGGTTTTCCa < 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NC_002947/1859014‑1859310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |