| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,947,418 | A→G | 5.6% | V122A (GTG→GCG) | PP_1748 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,947,418 | 0 | A | G | 5.6% | 244.8 / 2.6 | 83 | V122A (GTG→GCG) | PP_1748 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/34); new base G (3/2); total (47/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
ACGAAATCACCAATGCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAGGCGGCCATTGTCCTGCAATTGGCGCACGCTGGCGCCGATGGTATCCAGGTGGGCA > NC_002947/1947271‑1947567 | aCGAAATCACCAATGCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACg > 1:1722721/1‑150 (MQ=255) tCACCAATGCTCACGCCTAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAATAGGCATCCAGGCCCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCTCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCa > 2:2020637/1‑150 (MQ=255) cACCAATGCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCAc > 1:607816/1‑150 (MQ=255) cAATGCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGACCGCTGGCACTAACTGGCAGCGGGCAGCCACGGa > 2:502212/1‑150 (MQ=255) aaTGCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGaa < 1:1162281/150‑1 (MQ=255) gCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATAc > 1:1731797/1‑150 (MQ=255) tCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATAccc > 2:770024/1‑150 (MQ=255) aCGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCGTGCTGccgctga > 2:1421352/1‑137 (MQ=255) aCGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCGTGCTGccgctga < 1:1421352/142‑6 (MQ=255) aGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCCGCGGCAGCACGCTGCAACGGAAGACCCCTGTATCg > 2:1301527/1‑150 (MQ=255) gacTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTa < 2:724071/148‑1 (MQ=255) cTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTaaa > 1:505528/1‑150 (MQ=255) tCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATAcc < 1:1059111/135‑1 (MQ=255) tCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATAcc > 2:1059111/1‑135 (MQ=255) acaGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAacac < 1:2278894/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCt > 1:128720/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGTGGCAGCGTGCTGccgctgat > 2:691086/1‑119 (MQ=255) tCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGTGGCAGCGTGCTGccgctgat < 1:691086/125‑7 (MQ=255) gcgcgTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCg > 2:1905203/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACgg > 1:229946/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGATGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGc < 1:1527464/150‑1 (MQ=255) aGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTg > 1:437524/1‑150 (MQ=255) aGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTg > 2:625538/1‑150 (MQ=255) gcgcACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAACACGGCTGGa > 2:586212/1‑150 (MQ=255) gcgcACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGa < 2:607816/150‑1 (MQ=255) gcgcACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGAGGCAGCACGCTGCCTCGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGa < 1:1453707/150‑1 (MQ=255) gcACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCg < 1:1856681/101‑1 (MQ=255) gcACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCg > 2:1856681/1‑101 (MQ=255) aCTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACcag < 2:1492779/150‑1 (MQ=255) ttCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACACTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCt < 1:438943/141‑1 (MQ=255) ttCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACACTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCt > 2:438943/1‑141 (MQ=255) ccACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCagcagc > 2:440520/1‑150 (MQ=255) aCGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGATCCACCTGAAGACGCCGGTGTTGGTAAACACGCTAACGCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACTAGCAGCCg > 1:41886/1‑150 (MQ=255) tCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGATAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCt < 2:1791807/131‑1 (MQ=255) tCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGATAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCt > 1:1791807/1‑131 (MQ=255) cAGCTGATCGGCGTGTGGTCGATCGCCGTTTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATTCCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCgcc > 2:1896675/1‑150 (MQ=255) aGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCgcca > 2:2101192/1‑150 (MQ=255) aTCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTAGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCgccagggcc > 1:1274305/1‑150 (MQ=255) tCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCgccagggcca > 1:1195989/1‑150 (MQ=255) gCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggc > 1:1626568/1‑150 (MQ=255) aTCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATAGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggcgg < 2:933638/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggcggc < 2:1731797/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggcggc < 1:770024/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggcggc > 1:2080063/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGATCGCCGGCTTGAAGGCATGCCCGCTGGCGATAAGCGGCAACAGGCTGCCACGGCATACCCCGGTAGCTGTGAACACGCTAACCCGGCTGCCGTCGGGAAAACGGCTGAACCAGCAGCCGACGGGCGCCGGGGGCCggcggc > 2:2055102/2‑150 (MQ=255) tGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAac < 2:95805/81‑1 (MQ=255) tGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAac > 1:95805/1‑81 (MQ=255) 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ccATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAGGCGGCCATTGTCCTGCAATTGGCGCACGCTGGCGCCGATgg > 1:725623/1‑150 (MQ=255) ccATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAGGCGGCCATTGTCCTGCAATTGGCGCACGCTGGCGCCGATgg > 1:2051201/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAGGCGGCCATTGTCCTGCAATTGGCGCACGCTGGCGCCGATGGTAt > 2:1405714/1‑150 (MQ=255) gCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTACACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAGGCGGCCATTGTCCTGCAATTGGCGCACGCTGGCGCCGATGGTATCCa > 2:1352529/1‑150 (MQ=255) gCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggcg < 1:2338552/106‑1 (MQ=255) gCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAggcg > 2:2338552/1‑106 (MQ=255) 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ACGAAATCACCAATGCTCACGCCCAGTGCCTCACAGTCAGCGCGCGTGGCGCAGTAGGCATCCAGGCGCACTTCCACGTGGTCCCAGCTGATCGGCATCTGGTCGATCGCCGTGTTGAATGCATGCCCGCTGGCCATCAGCGGCAGCACGCTGCCACGGAATACCCCGGTATCGGTAAACACGCTAACCCGGCTGCCCTCGGCAAAACGGCTGGACCAGCAGCCGACGGGCGCCAGGGCCAGGCGGCCATTGTCCTGCAATTGGCGCACGCTGGCGCCGATGGTATCCAGGTGGGCA > NC_002947/1947271‑1947567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |