| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,095,232 | G→C | 14.3% | intergenic (‑240/+77) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,095,232 | 0 | G | C | 14.3% | 127.2 / 15.8 | 49 | intergenic (‑240/+77) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/20); new base C (3/4); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
GTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2095087‑2095381 | gtgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcggg < 1:1245531/150‑1 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGa < 1:595197/150‑1 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTATGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGCGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGa < 1:1716740/150‑1 (MQ=255) 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2:1273550/150‑1 (MQ=255) gTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAAc < 1:1392768/104‑1 (MQ=255) gTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAAc > 2:1392768/1‑104 (MQ=255) gTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAAcc < 1:1187474/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGCTCGGGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCCCCCCCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAAACCtt < 2:2238192/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGCACCCTACTGCGAATAACCCCTc > 2:1975724/1‑150 (MQ=255) ggCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCa < 1:111713/150‑1 (MQ=255) gCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGt < 2:1993694/90‑1 (MQ=255) gCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGt > 1:1993694/1‑90 (MQ=255) gtgtTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTa < 1:473668/124‑1 (MQ=255) gtgtTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTa > 2:473668/1‑124 (MQ=255) tGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATc > 1:1438130/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCTCCACCACCC‑CCCCCGCGTCGCACCTCTCATAGCCCCCGGGGCCCACGTCGCACCCCACCGTGTATAACCCTTGAGGAAATTTCCCTTCCg > 1:600680/1‑150 (MQ=25) ccGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCC‑CCCCCCCCGCCAACCCTCCATCCCCCCCCCCGCCCCCCCCGAAACCCACAGGGAAAAACCCCTCAGGAAAATGTCGAGCCg > 2:1870925/1‑150 (MQ=16) gCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTTGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGc > 1:473095/1‑150 (MQ=255) aGTGGTGTGGTGCCTGTGATATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCaa < 1:945497/150‑1 (MQ=255) gtgtggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGc < 1:1876156/150‑1 (MQ=255) tgtggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCCCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAAACCATCCAGGAATTACCCATCCCGCCAATTGcc > 2:541970/1‑150 (MQ=38) gtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGGCCCACCACCA‑CCCCCGCGGCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCtt > 2:1034838/1‑150 (MQ=255) tgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCCATTGCCGCTTc > 1:2081461/1‑150 (MQ=255) tgtgAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAGTTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAgg > 2:773041/1‑150 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTc < 2:2020621/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCtt > 2:1182233/1‑107 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCtt < 1:1182233/107‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGCCTAAAATCTCGTAGCCCCCGGGGCCCCCGTCGGACCCTAGGGCGTATAACCCCTCAGGGAAGTGGCGATCCGGGCAATTTCCGCTTCCAGGTCATcc > 1:89401/1‑150 (MQ=255) tCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGaa < 1:1303968/86‑1 (MQ=255) tCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGaa > 2:1303968/1‑86 (MQ=255) cgcgcgGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGa < 2:1690209/112‑1 (MQ=255) cgcgcgGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGa > 1:1690209/1‑112 (MQ=255) gcggccggCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAg < 2:575611/150‑1 (MQ=255) | GTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2095087‑2095381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |