Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,095,235 | G→C | 13.7% | intergenic (‑243/+74) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,095,235 | 0 | G | C | 13.7% | 137.7 / 15.6 | 51 | intergenic (‑243/+74) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/21); new base C (3/4); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
GTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTC > NC_002947/2095087‑2095384 | gtgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcggg < 1:1245531/150‑1 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGa < 1:595197/150‑1 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTATGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGCGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGa < 1:1716740/150‑1 (MQ=255) aGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGAt < 2:1651790/150‑1 (MQ=255) aTGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTg < 2:1693873/150‑1 (MQ=255) tGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTgc > 1:1529555/1‑150 (MQ=255) agagGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGccc > 1:1567352/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCccacc > 2:1876156/1‑150 (MQ=255) gCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCccaccaccc < 2:1504734/150‑2 (MQ=255) tgtgGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTc < 1:545170/150‑1 (MQ=255) aTAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgg < 1:2194815/106‑1 (MQ=255) aTAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgg > 2:2194815/1‑106 (MQ=255) aTAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACct > 2:1187474/1‑150 (MQ=255) aTAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACct > 1:985210/1‑150 (MQ=255) 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aCATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTc < 2:985210/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCCCCACCCCCCGCGCCAAACC‑CTCGGAGCCGCCCGCGAGCCCgcgta > 1:575611/1‑146 (MQ=37) aTTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAAc > 2:1719469/1‑122 (MQ=255) aTTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAAc < 1:1719469/122‑1 (MQ=255) tCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAAc < 2:1529555/150‑1 (MQ=255) gCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGaa < 2:1273550/150‑1 (MQ=255) gTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAAc < 1:1392768/104‑1 (MQ=255) gTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAAc > 2:1392768/1‑104 (MQ=255) gTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAAcc < 1:1187474/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGCTCGGGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCCCCCCCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAAACCtt < 2:2238192/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGCACCCTACTGCGAATAACCCCTc > 2:1975724/1‑150 (MQ=255) ggCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCa < 1:111713/150‑1 (MQ=255) gCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGt > 1:1993694/1‑90 (MQ=255) gCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGt < 2:1993694/90‑1 (MQ=255) gtgtTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTa < 1:473668/124‑1 (MQ=255) gtgtTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTa > 2:473668/1‑124 (MQ=255) tGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATc > 1:1438130/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCTCCACCACCC‑CCCCCGCGTCGCACCTCTCATAGCCCCCGGGGCCCACGTCGCACCCCACCGTGTATAACCCTTGAGGAAATTTCCCTTCCg > 1:600680/1‑150 (MQ=25) ccGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCC‑CCCCCCCCGCCAACCCTCCATCCCCCCCCCCGCCCCCCCCGAAACCCACAGGGAAAAACCCCTCAGGAAAATGTCGAGCCg > 2:1870925/1‑150 (MQ=16) gCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTTGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGc > 1:473095/1‑150 (MQ=255) aGTGGTGTGGTGCCTGTGATATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCaa < 1:945497/150‑1 (MQ=255) gtgtggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGc < 1:1876156/150‑1 (MQ=255) tgtggtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCCCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAAACCATCCAGGAATTACCCATCCCGCCAATTGcc > 2:541970/1‑150 (MQ=38) gtgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGGCCCACCACCA‑CCCCCGCGGCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCtt > 2:1034838/1‑150 (MQ=255) tgCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCCATTGCCGCTTc > 1:2081461/1‑150 (MQ=255) tgtgAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAGTTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAgg > 2:773041/1‑150 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTc < 2:2020621/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCtt > 2:1182233/1‑107 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCtt < 1:1182233/107‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGCCTAAAATCTCGTAGCCCCCGGGGCCCCCGTCGGACCCTAGGGCGTATAACCCCTCAGGGAAGTGGCGATCCGGGCAATTTCCGCTTCCAGGTCATcc > 1:89401/1‑150 (MQ=255) tCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGaa > 2:1303968/1‑86 (MQ=255) tCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGaa < 1:1303968/86‑1 (MQ=255) cgcgcgGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGa < 2:1690209/112‑1 (MQ=255) cgcgcgGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGa > 1:1690209/1‑112 (MQ=255) gcggccggCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAg < 2:575611/150‑1 (MQ=255) ggcggcGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTc < 2:2011067/150‑1 (MQ=255) | GTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCA‑CCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTC > NC_002947/2095087‑2095384 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |