| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,134,321 | G→T | 6.0% | intergenic (‑44/+25) | PP_1892 ← / ← fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,134,321 | 0 | G | T | 6.0% | 295.2 / 2.9 | 92 | intergenic (‑44/+25) | PP_1892/fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/42); new base T (4/2); total (48/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCAGCACGCCTG > NC_002947/2134177‑2134470 | tGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGTCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACgccgcc < 2:318981/150‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGcccc < 1:686217/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTcgc < 2:2023144/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATACTCCGcccc > 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ttCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGaa < 2:918015/140‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCtt > 1:605849/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTg > 2:1413410/1‑150 (MQ=255) ccaccaGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCgg > 2:1340330/1‑150 (MQ=255) caccaGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGt > 2:935452/1‑150 (MQ=255) 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gggggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCgg < 2:1129183/150‑1 (MQ=255) ggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCggg > 2:1497085/1‑150 (MQ=255) gggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCgctg > 1:2262314/1‑81 (MQ=255) gggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAg < 2:2262314/84‑1 (MQ=255) gCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTgg > 2:53573/1‑136 (MQ=255) gCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTgg < 1:53573/136‑1 (MQ=255) cGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGCCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGaa < 1:1767768/80‑1 (MQ=255) cGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGCCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGaa > 2:1767768/1‑80 (MQ=255) aGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGGAAAGGGTCAGCTCACCTTGCCCGGTACGCCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGTTCACCTTCCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTCCAGCCGCTGGCGATCGTTGTGTTgcagc < 2:223554/150‑1 (MQ=255) tataCTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGa < 1:2075136/56‑1 (MQ=255) tataCTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGa > 2:2075136/1‑56 (MQ=255) taCGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCAGCACgc > 1:649760/1‑150 (MQ=255) cgccgcCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGc < 1:868712/101‑1 (MQ=255) cgccgcCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGc > 2:868712/1‑101 (MQ=255) gccgccCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCAGCACgcctg > 2:746372/1‑150 (MQ=255) | TGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCAGCACGCCTG > NC_002947/2134177‑2134470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |