| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,298,647 | G→A | 9.1% | D506D (GAC→GAT) | sbcC ← | exonuclease subunit SbcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,298,647 | 0 | G | A | 9.1% | 327.7 / 17.9 | 120 | D506D (GAC→GAT) | sbcC | exonuclease subunit SbcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/56); new base A (6/5); total (59/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GTTGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCC > NC_002947/2298499‑2298796 | gTTGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGt > 1:1425314/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTc > 1:1153513/1‑150 (MQ=255) gCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTg > 2:1573020/1‑150 (MQ=255) tGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCg < 1:1411045/150‑1 (MQ=255) gcagcaTGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCAAGCTGCTGGCGCCGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGCCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCgg > 2:851024/1‑150 (MQ=255) gcaTGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCa > 1:1163308/1‑150 (MQ=255) gcaTGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCa > 2:873555/1‑150 (MQ=255) tgctgctgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTgg < 2:1024425/150‑1 (MQ=255) 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1:1817517/1‑143 (MQ=255) aTGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGccc < 2:392206/150‑1 (MQ=255) gccgccGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTACGGCTTCGTCGTCACGGAACAACAGGTCGTAGAGCACTCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCtt < 1:1685778/150‑1 (MQ=255) tggccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCa > 1:38112/3‑124 (MQ=255) tggccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCa < 2:38112/122‑1 (MQ=255) tggccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCa < 2:38119/122‑1 (MQ=255) tggccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCa > 1:38119/3‑124 (MQ=255) ccgccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGTCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGACCTTg < 1:2281784/150‑1 (MQ=255) gccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGt > 2:1849498/1‑150 (MQ=255) gccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGt < 2:1388063/150‑1 (MQ=255) gccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGt > 1:245112/1‑150 (MQ=255) ccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCg < 1:1642959/126‑1 (MQ=255) ccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCg > 2:1642959/1‑126 (MQ=255) cgAGCAGATCGACCTGCTAGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAgg > 2:949372/1‑62 (MQ=38) cgAGCAGATCGACCTGCTAGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAgg < 1:949372/62‑1 (MQ=38) gAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAg < 1:218952/150‑1 (MQ=255) gCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAg > 2:307917/1‑118 (MQ=255) gCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAg < 1:307917/118‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGcc < 1:24692/146‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGcc > 2:1200630/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGcc > 2:1005731/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGcc > 1:2025425/1‑150 (MQ=255) | GTTGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCC > NC_002947/2298499‑2298796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |