| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,298,652 | T→C | 7.4% | I505V (ATC→GTC) | sbcC ← | exonuclease subunit SbcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,298,652 | 0 | T | C | 7.4% | 348.7 / 13.3 | 122 | I505V (ATC→GTC) | sbcC | exonuclease subunit SbcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/57); new base C (5/4); total (61/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCCACCGA > NC_002947/2298506‑2298801 | cGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGc < 1:1711459/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGAC‑GCGCTGAGGTTTGCGCTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCt > 1:135980/1‑150 (MQ=255) tGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCg < 1:1411045/150‑1 (MQ=255) 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1:1642959/126‑1 (MQ=255) cgAGCAGATCGACCTGCTAGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAgg < 1:949372/62‑1 (MQ=38) cgAGCAGATCGACCTGCTAGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAgg > 2:949372/1‑62 (MQ=38) gAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAg < 1:218952/150‑1 (MQ=255) gCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAg > 2:307917/1‑118 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGcc < 1:24692/146‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGcc > 1:2025425/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGcc > 2:1915489/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGGCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGcc > 2:24692/1‑146 (MQ=255) tCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTAGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCCa < 2:2308359/150‑1 (MQ=255) tCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCCACCGa > 1:2064264/1‑150 (MQ=255) | GCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGC‑GCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGCCACCGA > NC_002947/2298506‑2298801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |