| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,351,633 | G→T | 6.3% | L36M (CTG→ATG) ‡ | PP_2066 ← | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,351,633 | 0 | G | T | 6.3% | 305.5 / 4.8 | 95 | L36M (CTG→ATG) ‡ | PP_2066 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/49); new base T (3/3); total (43/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
GCCGCGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCG > NC_002947/2351487‑2351782 | gccgcGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGGGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCt > 1:216372/1‑150 (MQ=255)gccgcGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCt > 1:77148/1‑150 (MQ=255) cgcgcgGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCGCCGCGGTCGCGCTGCGACACCGGCCCTCGAGTGAGTAACTGGTCGCTAGCTTCACGGACCTTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGc < 2:262416/150‑1 (MQ=255) 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gctgctGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCgg < 2:2173254/150‑1 (MQ=255) tttCCAGCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCAACACCAGCCCATAATTGAGCAACTGGTTGATAGCGGCAAGGCCGGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGc < 1:1685398/148‑1 (MQ=255) ccTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTGGGCAGCCTGCTGCCGACCGAGt > 1:2124101/1‑144 (MQ=255) ccTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTGGGCAGCCTGCTGCCGACCGAGt < 2:2124101/144‑1 (MQ=255) cTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGcc < 2:77148/150‑1 (MQ=255) 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aCTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTc < 2:731850/104‑1 (MQ=255) aCTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGc > 1:1448496/1‑150 (MQ=255) tcggtcggCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCgg < 2:1046627/122‑1 (MQ=255) tcggtcggCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCgg > 1:1046627/1‑122 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAgc > 2:1888812/1‑78 (MQ=37) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAgc < 1:1888812/78‑1 (MQ=37) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTgg > 2:1173222/1‑79 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTgg < 1:1173222/79‑1 (MQ=255) agcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCg > 1:864243/1‑150 (MQ=255) ggCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGgccg > 2:1216251/1‑150 (MQ=255) | GCCGCGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCG > NC_002947/2351487‑2351782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |