| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,462,973 | T→A | 8.7% | L229Q (CTG→CAG) | lolD → | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,462,973 | 0 | T | A | 8.7% | 347.5 / 21.0 | 115 | L229Q (CTG→CAG) | lolD | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/53); new base A (5/5); total (57/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGGTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTC > NC_002947/2462824‑2463117 | cGGTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCt > 1:1875401/1‑150 (MQ=255) ggTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATACAGGCGCACATGCAGAGGCTGTCCAGCTCTTCGCGCACGGCATTGCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtg < 1:2271571/150‑1 (MQ=255) aaCCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggtg < 1:751511/150‑1 (MQ=255) cTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCAAGCGCTTCTCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATCGCCGCCTGGTGGc‑c > 1:1062703/1‑150 (MQ=255) cGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CAt > 2:1488758/1‑150 (MQ=255) cGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGC‑CAt < 2:1452839/150‑1 (MQ=255) accaccATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCt > 2:832762/1‑150 (MQ=255) accaccATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCt > 1:1728003/1‑150 (MQ=255) accaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGAt < 1:1657008/150‑1 (MQ=255) ccaTACCGGCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATc > 2:578470/1‑150 (MQ=255) ccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACAACTCCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATc > 1:1312484/1‑150 (MQ=255) caTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGGGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCg > 1:1109775/1‑150 (MQ=255) aTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGa > 1:2035678/1‑150 (MQ=255) 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gacgaTGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGcc > 2:446315/1‑104 (MQ=255) gacgaTGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGcc < 1:446315/104‑1 (MQ=255) gacgaTGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCAc < 1:925537/150‑1 (MQ=255) cgaTGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACtt < 2:78706/150‑1 (MQ=255) agaTGGCCACCAGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACtt > 1:1276138/2‑150 (MQ=255) gaTGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTc < 2:505227/150‑1 (MQ=255) gaTGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTc > 2:538115/1‑150 (MQ=255) gaTGGCCACCTGGTGGC‑CACCTGATCGACTGCCTGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTCTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCCTCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCCCTTc < 2:1062703/150‑1 (MQ=255) gaTGGCCACCAGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTc > 2:1326641/1‑150 (MQ=255) tGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTa < 2:2218065/81‑1 (MQ=255) tGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAt < 1:578470/150‑1 (MQ=255) tGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAt < 2:1118211/150‑1 (MQ=255) gCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAtct < 1:102526/150‑1 (MQ=255) ccACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTacac > 1:1596260/1‑120 (MQ=255) ccACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAtctc > 1:873613/1‑150 (MQ=255) aCCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTa < 1:1022539/76‑1 (MQ=255) aCCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTa > 2:1022539/1‑76 (MQ=255) | CGGTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGC‑CATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTC > NC_002947/2462824‑2463117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |