| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,641,850 | T→G | 5.8% | S24A (TCG→GCG) | PP_2312 → | lytic transglycosylase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,641,850 | 0 | T | G | 5.8% | 242.5 / 7.5 | 86 | S24A (TCG→GCG) | PP_2312 | lytic transglycosylase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/42); new base G (2/3); total (41/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
CGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAACCAGAGCCGCAACAGTTCTGGTGAGGTGAAGGGTGAGCCAGTCGGCATCGAGTA > NC_002947/2641704‑2641992 | cGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGc > 1:1621699/1‑150 (MQ=255) gTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGcc > 1:1174736/1‑150 (MQ=255) tGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCg < 1:35200/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCgg > 2:2067363/1‑150 (MQ=255) tCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCCGGCGAGCGCGCCtggg < 2:1177738/150‑1 (MQ=255) ttttACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCCGGCGAGCGCGCCTGGGcg < 2:77362/150‑2 (MQ=255) ttttACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCCGGCGAGCGCGCCTGGGcg > 1:77362/1‑149 (MQ=255) ttttACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGcc > 1:1585229/1‑150 (MQ=255) ttttACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGcc > 1:1994696/1‑150 (MQ=255) tACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCgca > 1:546962/1‑150 (MQ=255) ccGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCgcagc > 2:519312/1‑150 (MQ=255) ccGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCgcagc > 2:2165572/1‑150 (MQ=255) tgcatttCTCTCTTGGCGGTGCAACCCCATGGATGCCGCCCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTCCTGCTGACGCTTGGGCTGACCTTGACCGGGCCTGCCCACGCGCGCGTGCCGGGACCgcagca > 2:2089562/5‑150 (MQ=255) gtcgtTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCaa > 2:1614746/1‑150 (MQ=255) tcgtTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCaaa > 1:833161/1‑150 (MQ=255) aTCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATAc > 1:2233127/1‑150 (MQ=255) cACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCg > 2:1469213/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGcc < 1:1614746/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCt > 1:1718520/1‑150 (MQ=255) tggaggTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTg < 2:1535786/146‑1 (MQ=255) ggTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGTCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCaa > 2:1371159/1‑150 (MQ=255) aa‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAAGTGc < 2:583174/150‑1 (MQ=255) aa‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGAGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGc > 2:2266298/1‑150 (MQ=255) a‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCaggtcacg > 1:1119121/1‑143 (MQ=255) ccATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGACAAGAAGCGTg > 2:723237/1‑150 (MQ=255) taTGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGTCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTg < 1:132945/149‑1 (MQ=255) aTGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTgg < 2:1059332/150‑1 (MQ=255) aTGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTgg < 2:2199739/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGgc < 2:1436281/150‑1 (MQ=255) cGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCa < 2:1174736/150‑1 (MQ=255) cACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGAtt < 2:481347/150‑1 (MQ=255) aCCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTc < 2:833161/150‑1 (MQ=255) gACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCa < 1:723237/150‑1 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATATCGCCTGCCAAg > 1:595804/1‑124 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATATCGCCTGCCAAg < 2:595804/124‑1 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAg > 1:1418214/1‑124 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAg < 2:1418214/124‑1 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCAc < 1:519312/150‑1 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCAc < 2:1994696/150‑1 (MQ=255) cACGGACACGTTTTCGCATGCTGCGATGCTGGGTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGCTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGCGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCa < 2:872829/150‑1 (MQ=255) cACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCa < 1:558201/150‑1 (MQ=255) aCGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAg > 2:2068037/1‑150 (MQ=255) acacGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCaaa > 2:479324/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCt < 1:491353/107‑1 (MQ=255) gTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCt > 2:491353/1‑107 (MQ=255) 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cAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTg < 1:2165572/150‑1 (MQ=255) aGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTgg < 1:1418044/150‑1 (MQ=255) aGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGAGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTgg < 1:2266298/150‑1 (MQ=255) gCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGt > 2:133128/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACGTACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCa < 1:1136895/122‑1 (MQ=255) aTGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACGTACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCa > 2:1136895/1‑122 (MQ=255) aTGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTg < 1:174560/136‑1 (MQ=255) aTGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTg > 2:174560/1‑136 (MQ=255) tGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAAc < 2:1718520/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAAc < 2:1216170/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCTCAGTTTTCTGCTGGCGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCGCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGGAGCAAAACATACCGTCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAAATTCGCACCAGGAAAGTTCGGCGAGTGCTGGTGaaa < 2:1865442/150‑2 (MQ=255) 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ccAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAACCAGAGCCGCAACAGTTCTGGTGAGGTGAAGGGTGAGCCAGTCGGCATCGa > 2:1943860/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAACCAGAGCCGCAACAGTTCTGGTGAGGTGAAGGGTGAGCCAGTCGGCATCGAGt < 2:223565/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAACCAGAGCCGCAACAGTTCTGGTGAGGTGAAGGGTGAGCCAGTCGGCATCGAGta < 1:1943860/150‑1 (MQ=255) | CGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAA‑CCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAACCAGAGCCGCAACAGTTCTGGTGAGGTGAAGGGTGAGCCAGTCGGCATCGAGTA > NC_002947/2641704‑2641992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |