| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 284,587 | T→A | 10.2% | intergenic (+33/+30) | betT‑II → / ← atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 284,587 | 0 | T | A | 10.2% | 440.9 / 30.1 | 147 | intergenic (+33/+30) | betT‑II/atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/61); new base A (9/6); total (80/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTG > NC_002947/284439‑284736 | aCCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTAAAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCtt > 2:2161708/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGaa < 2:1320290/150‑1 (MQ=255) ggCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAaga < 1:575218/150‑1 (MQ=255) 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tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 2:2257167/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACACAGTTGTCACATAACGCAACg > 2:1297883/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATAGCCAGGGGGTACACCAAGAGAGTGTCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 1:860831/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGAt > 2:731998/1‑65 (MQ=25) ttCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAgg < 1:1269839/48‑1 (MQ=18) ttCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAgg > 2:1269839/1‑48 (MQ=18) gcgGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCAtt < 2:871576/150‑1 (MQ=255) cgGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATtc < 2:101886/150‑1 (MQ=255) cTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCt < 2:93882/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTGGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTg > 1:593504/1‑150 (MQ=255) | ACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTG > NC_002947/284439‑284736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |