Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,755,062 | C→T | 6.7% | R449C (CGC→TGC) | czcA‑II → | cation efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,755,062 | 0 | C | T | 6.7% | 256.2 / 6.1 | 90 | R449C (CGC→TGC) | czcA‑II | cation efflux system protein |
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Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 |
GCTGGACTTCGGCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTC > NC_002947/2754917‑2755211 | gcTGGACTTCGGCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGAAGCGGCGTTAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGAACgccg < 1:1591744/150‑1 (MQ=39) tGGACTTCGGCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCATgccggc > 2:798876/1‑150 (MQ=255) tGGACTTCGGCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACgccggc > 1:1181844/1‑150 (MQ=255) cTTCGGCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCt > 1:3338/1‑150 (MQ=255) cTTCGGCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCt > 2:505921/1‑150 (MQ=255) ggCATCATCGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATc > 1:2292648/1‑150 (MQ=255) atcatcGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGCTCTAt > 1:1981299/1‑150 (MQ=255) atcatcGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTAt < 2:1181844/150‑1 (MQ=255) atcatcGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTAt < 1:132293/150‑1 (MQ=255) tcatcGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATg < 1:2017442/150‑1 (MQ=255) ctacctcgACTGAGCGGTGGTGATCGTGGAAAAGGGCATCCGTGGCCTGGCCCATGCCGAGCAGCGCCACGGTCGCATGATAACCGGCAGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTTGCGCTGCCAGCGAAGCACGCCGGCCGATAATCTATgg > 2:470044/6‑150 (MQ=255) catcGTCGACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATgg > 1:1067479/1‑150 (MQ=255) atcGTCGACGGCGCGGTCGTGCTCGTGGAAAGCGGATCCCGCCGCCTGGCCGGTGTCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCCGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATggg < 2:734023/150‑1 (MQ=255) acttcgACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAAAGGTTCCATGAGGAATATGCCGATGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCGATggtc > 1:1835492/4‑148 (MQ=255) gtcgACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAg > 1:993274/1‑150 (MQ=255) tcgACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGt > 1:1137610/1‑150 (MQ=255) tcgACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGt < 2:1981299/150‑1 (MQ=255) tcgACGGCGCGGTGGTGATCGTGGAAAACGCCATCCGTCGCCTGGCCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGt > 1:585657/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |