| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,213,020 | T→A | 6.7% | M15K (ATG→AAG) | mexC → | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,213,020 | 0 | T | A | 6.7% | 298.6 / 12.1 | 105 | M15K (ATG→AAG) | mexC | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/42); new base A (2/5); total (58/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TCTGAAGGGGTCATTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTC > NC_002947/3212872‑3213165 | tCTGAAGGGGTCATTAAGAGCCTTTTATGATTTTAATGAGTCAATATGGACTGATGTGGGTTTTAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATg > 2:1436096/1‑150 (MQ=255) cTGAAGGGGTCATTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATgg > 2:1287906/1‑150 (MQ=255) gAAGGGGTCATTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCg > 1:1038229/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAg > 2:1050231/1‑150 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACgg < 1:662923/59‑1 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACgg > 2:662923/1‑59 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGTGCCCGAGCAGGTc < 1:2179458/114‑1 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGTGCCCGAGCAGGTc > 2:2179458/1‑114 (MQ=255) cATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATgc < 2:2209495/150‑1 (MQ=255) cATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATgc < 1:736315/150‑1 (MQ=255) ttGGACCTGGCGATCGCGTTGGCCGGGTTTGCTCCGGTAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATgcgc < 2:1038229/150‑1 (MQ=255) gCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg < 1:1747386/75‑1 (MQ=255) gCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg > 2:1747386/1‑75 (MQ=255) gCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTc > 2:1762230/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCg > 2:1137217/1‑62 (MQ=255) ccATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCg < 1:1137217/62‑1 (MQ=255) | TCTGAAGGGGTCATTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTC > NC_002947/3212872‑3213165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |