| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,213,031 | T→A | 7.1% | L19M (TTG→ATG) | mexC → | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,213,031 | 0 | T | A | 7.1% | 283.1 / 12.2 | 98 | L19M (TTG→ATG) | mexC | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/39); new base A (2/5); total (54/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
ATTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGCGGGC > NC_002947/3212884‑3213179 | aTTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTg > 2:1971807/1‑150 (MQ=255)aTTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTg > 1:803430/1‑150 (MQ=255) tAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCAAGGCGATCGCCATGGc < 2:2334980/150‑1 (MQ=255) 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tAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGccgggccggg > 1:800154/1‑150 (MQ=255) gggTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACt < 2:179512/136‑1 (MQ=255) gggTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACt > 1:179512/1‑136 (MQ=255) ggTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGa < 1:1581034/150‑1 (MQ=255) gTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAg > 2:1456775/1‑150 (MQ=255) gTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAg > 2:1050231/1‑150 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACgg < 1:662923/59‑1 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACgg > 2:662923/1‑59 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGTGCCCGAGCAGGTc > 2:2179458/1‑114 (MQ=255) ggCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGTGCCCGAGCAGGTc < 1:2179458/114‑1 (MQ=255) cATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATgc < 1:736315/150‑1 (MQ=255) cATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATgc < 2:2209495/150‑1 (MQ=255) ttGGACCTGGCGATCGCGTTGGCCGGGTTTGCTCCGGTAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATgcgc < 2:1038229/150‑1 (MQ=255) gCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg < 1:1747386/75‑1 (MQ=255) gCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg > 2:1747386/1‑75 (MQ=255) gCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTc > 2:1762230/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCg < 1:1137217/62‑1 (MQ=255) ccATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCg > 2:1137217/1‑62 (MQ=255) ggCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGa < 1:1111059/150‑1 (MQ=255) gCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTTCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGCgg < 1:1066895/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGCCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCACCGAGGTACggg > 1:395784/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGCGGgc > 1:1954478/1‑150 (MQ=255) | ATTAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGCGGGC > NC_002947/3212884‑3213179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |