| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,236,191 | G→T | 5.7% | G415C (GGT→TGT) ‡ | PP_2834 → | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,236,191 | 0 | G | T | 5.7% | 268.8 / 2.6 | 86 | G415C (GGT→TGT) ‡ | PP_2834 | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/41); new base T (3/2); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GGCTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGC > NC_002947/3236042‑3236337 | ggCTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTACGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCg > 1:2176957/1‑150 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa < 2:2037905/150‑1 (MQ=255) ccACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCCCTCAgg < 2:2331176/150‑1 (MQ=255) cACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGt > 1:1825291/1‑150 (MQ=255) aCTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTg < 1:168824/150‑1 (MQ=255) aCTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTg < 1:1347176/150‑1 (MQ=255) tATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGc > 1:2030239/1‑150 (MQ=255) tCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcg > 1:182808/1‑150 (MQ=255) ccTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCTGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcgg > 2:718621/1‑150 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCCCGGCCACCTGACCGGTGGCcgaga < 1:1957648/150‑4 (MQ=255) tCGAGAAAGCCCTCGGAGCAGTGCCCAAGGCAGGCTCTAGCAGCCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCTGGGCATCTTCTGCTTTGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACGTGACCGGTGGCcgaga < 2:1736921/150‑4 (MQ=255) gaAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAg > 1:27028/1‑136 (MQ=255) gaAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAg < 2:27028/136‑1 (MQ=255) gaAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGCTGCCCGGCGCGGc > 2:12312/1‑150 (MQ=255) aTCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCaa > 2:2273997/1‑150 (MQ=255) tCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc > 1:2275411/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGa > 2:1337871/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATc < 1:1912813/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCg > 2:2278565/1‑150 (MQ=255) gcgcAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCg < 1:2164065/150‑1 (MQ=255) cggaGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACTACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGc < 2:719418/147‑1 (MQ=255) agaggCCAATGCAGACTCCAACAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGAGGCTGGTGTTCATGGACACCCCCCGCTACTACCCGCTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATTGCCtt > 2:1148763/4‑150 (MQ=255) ccAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGc < 1:204683/130‑1 (MQ=255) ccAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGc > 2:204683/1‑130 (MQ=255) aggcTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTTTCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc > 1:1816134/1‑127 (MQ=255) aggcTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGGACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc < 2:1816134/127‑1 (MQ=255) cAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTc < 2:2176957/150‑1 (MQ=255) aGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCg > 1:505278/1‑150 (MQ=255) ggTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACgg < 2:1995710/150‑1 (MQ=255) gTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGc < 1:2278565/150‑1 (MQ=255) tCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCCACACCCGCGGCTCGAGCTACCGCt < 2:31153/150‑1 (MQ=255) tgtATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGccc < 2:182808/150‑1 (MQ=255) gtATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGcccc > 1:1881669/1‑150 (MQ=255) tATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCg < 2:685940/150‑1 (MQ=255) atctaGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCg < 1:553210/146‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGgc > 1:1927621/1‑150 (MQ=255) tCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCCGCTCGGCATACGGCGGGGCCCCGgc > 2:58512/1‑150 (MQ=255) gTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGcc > 1:2154546/1‑150 (MQ=255) gTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGcc > 1:1946197/1‑150 (MQ=255) gTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGAGGCAACCTGATCGCCTTCAACACCTGCCGCGGCTCGGCCTCCGGCTGTGCCCCggatat > 2:553210/1‑146 (MQ=255) tACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCa > 2:1902169/1‑150 (MQ=255) cgcgCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATc < 1:1902169/150‑1 (MQ=255) gcgcAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCg < 2:1825291/150‑1 (MQ=255) cgcAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGa < 1:629986/150‑1 (MQ=255) cAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATc < 2:2039447/150‑1 (MQ=255) cAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATc < 2:2159233/150‑1 (MQ=255) cgtgcgtgCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCt < 2:2030239/150‑1 (MQ=255) gtgcgtgcCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCg < 2:1375302/103‑1 (MQ=255) gtgcgtgcCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCg > 1:1375302/1‑103 (MQ=255) gtgcgtgcCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTg < 2:2217655/150‑1 (MQ=255) tgcgtgcCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCACGGCGCCATCGATCAAGCTgg < 2:2195222/150‑1 (MQ=255) gtgcCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGcaa < 2:1946197/150‑1 (MQ=255) cccAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGcaacca < 2:2154546/150‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc < 2:1664431/75‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc > 1:1664431/1‑75 (MQ=255) cAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGcaaccaac < 1:673733/150‑1 (MQ=255) 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cACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcgg > 1:903288/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGAGCGCCTTCACCACCGGCCGCAGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCCGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcgg > 2:2096514/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc < 1:718621/150‑1 (MQ=255) | GGCTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGC > NC_002947/3236042‑3236337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |