Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,238,188 | T→G | 6.3% | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 → | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,238,188 | 0 | T | G | 6.3% | 263.7 / 10.3 | 95 | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/50); new base G (2/4); total (41/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.12e-01 |
GCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCGAAG > NC_002947/3238041‑3238337 | gCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGt > 1:1762755/1‑150 (MQ=255) gcgcCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCgg < 2:302850/150‑1 (MQ=255) gcCGACCTGGCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGtt < 2:692207/150‑1 (MQ=255) 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gCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCg < 2:971563/130‑1 (MQ=255) gccAACCGCGGACAGCGGTTGGGCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGcgcg > 1:1995608/2‑150 (MQ=255) gccAACCGCGGACAGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGcgcg > 2:973119/2‑150 (MQ=255) cccAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAg > 1:76691/1‑58 (MQ=255) cccAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAg < 2:76691/58‑1 (MQ=255) cccAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGcgcg > 2:377477/1‑150 (MQ=255) ccAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGa > 1:1082222/1‑150 (MQ=255) aaCCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGa < 1:2011868/96‑1 (MQ=255) aaCCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGa > 2:2011868/1‑96 (MQ=255) ccGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACACCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTc < 1:2113965/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCAcccc > 2:584321/1‑44 (MQ=255) cGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCAcccc < 1:584321/44‑1 (MQ=255) tGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCGAAg > 1:799944/1‑150 (MQ=255) | GCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCG‑ACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCGAAG > NC_002947/3238041‑3238337 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |