| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,313,139 | C→T | 5.2% | S92S (AGC→AGT) | hemB → | 5‑aminolevulinate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,313,139 | 0 | C | T | 5.2% | 230.6 / 2.4 | 77 | S92S (AGC→AGT) | hemB | 5‑aminolevulinate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/40); new base T (2/2); total (35/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
ATCGATGATTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTCCGACACCTGCTTCTGCGAATACACCAGCCACGGCCACTGCGGCGTGCTGCATGACCATG > NC_002947/3312990‑3313278 | aTCGATGATTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGc > 1:977503/1‑150 (MQ=255)aTCGATGATTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGc < 1:884280/150‑1 (MQ=255)aTCGATGATTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGc < 1:783164/150‑1 (MQ=255) cGATGATTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGa < 1:665004/150‑1 (MQ=255) atgatTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGaca > 2:436416/1‑150 (MQ=255) tgatTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGacac < 2:977503/150‑1 (MQ=255) aCCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCCGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGc > 1:2234721/1‑150 (MQ=255) tATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGt < 2:2064451/150‑1 (MQ=255) aTGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGtt < 1:1124211/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTg > 2:1872678/1‑150 (MQ=255) cccGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTgcg > 2:1402692/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTgcgc < 1:1004868/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTgcgc > 2:1964667/1‑150 (MQ=255) tCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTgc > 1:1040718/1‑142 (MQ=255) tCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTgc < 2:1040718/142‑1 (MQ=255) cAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGGCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTc < 2:1143087/150‑1 (MQ=255) aaCCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTcg > 1:2079516/1‑150 (MQ=255) ccGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGAGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTcgcg > 2:433859/1‑150 (MQ=255) cGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGTGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGt > 2:2181579/1‑150 (MQ=255) cGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGt > 1:2254913/1‑150 (MQ=255) tCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCt < 1:1656084/150‑1 (MQ=255) cccGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGc > 2:1438984/1‑150 (MQ=255) aaGCTGCTGGCCCAGGAAAGCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGac < 1:792111/150‑1 (MQ=255) gctgctGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGacac < 2:2079516/150‑1 (MQ=255) gctgctGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGacac > 2:895660/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACAcc < 1:239335/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCg < 1:341426/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTg > 1:1161832/1‑132 (MQ=255) ccAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGAGTATCTg < 2:1161832/132‑1 (MQ=255) cAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGaa > 1:29082/1‑150 (MQ=255) cAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGaa > 1:350757/1‑150 (MQ=255) aGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGc < 1:1326750/144‑1 (MQ=255) aGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGc > 2:1326750/1‑144 (MQ=255) aGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGc < 1:157227/144‑1 (MQ=255) 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cGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATggtggt < 1:818350/150‑1 (MQ=255) cGAACGGTATGCCCGCGCCGGGATCAAGTCGGTGGTGAGCTTTGGCGTATGGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCGGGAACGAAAACGGCCGGGTTGCGCGCATGGCGCGTATCGGCAAGGACACCGTGCCGGAAATggtggt < 2:829491/150‑1 (MQ=255) aGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGa > 2:786719/1‑150 (MQ=255) cTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTc > 1:277280/1‑150 (MQ=255) tATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACCCCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTcc < 1:1438984/150‑1 (MQ=255) tATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTcc < 1:1623792/150‑1 (MQ=255) tATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTcc < 1:1964667/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTCCGa < 2:632738/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTCCGACACCt > 1:951884/1‑150 (MQ=255) gcCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTCCGACACCTGc < 2:951884/150‑1 (MQ=255) 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ccGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTCCGACACCTGCTTCTGCGAATACACCAGCCACGGCCACTGCGGCGTGCTGCATGACCATg < 2:2254913/150‑1 (MQ=255) | ATCGATGATTTCGTGCCGATCACCAGTATGCCCGGTGTCAACCGTATCCCCGAGAAGCTGCTGGCCCAGGAAATCGAGCGCTATGCCCGCGCCGGTATCAAGTCGGTGATGACCTTTGGCGTATCGCACCACCTGGATGCCGATGGCAGCGACACCTGGAACGAAAACGGCCTGGTTGCGCGCATGTCGCGTATCTGCAAGGACACCGTGCCGGAAATGGTGGTGATGTCCGACACCTGCTTCTGCGAATACACCAGCCACGGCCACTGCGGCGTGCTGCATGACCATG > NC_002947/3312990‑3313278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |