Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,506,084 | T→A | 6.1% | intergenic (‑400/+81) | PP_3103 ← / ← PP_5574 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,506,084 | 0 | T | A | 6.1% | 297.1 / 9.2 | 98 | intergenic (‑400/+81) | PP_3103/PP_5574 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/47); new base A (3/3); total (48/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 |
AATGTTTCAAGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGCGACGTGGGTGTGGATATTAGAATTACTGGCGCCCGTCAACCTGGATGCAGGCATTTTTATCACTCATGTGCTTGCAAGGCCAGCCGTCAC > NC_002947/3505935‑3506232 | aaTGTTTCAAGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGATGCTAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCAtt > 1:2006636/1‑150 (MQ=255) gTTTTAAGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGa < 2:829157/150‑1 (MQ=255) tCAAGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCTGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGcc > 2:1870727/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGcc > 2:1864745/1‑150 (MQ=255) aaGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCAt > 2:2217351/1‑150 (MQ=255) aaGGCTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCAAATGAGCCAt > 1:658016/1‑150 (MQ=255) cTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCAAATGAGCCAtttca < 2:658016/150‑3 (MQ=255) cTCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCACCCTCAAATCAGCGGGGGGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCAAATGAGCCAtttca < 2:189149/150‑3 (MQ=255) tCGCGGGTTTATTAACTCATTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGGGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTaaa < 1:1941659/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGGGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTaaa > 2:181553/1‑150 (MQ=255) gcgGGTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAAtt > 1:1860946/1‑150 (MQ=255) gggTTTATTAACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGt > 1:1127003/1‑150 (MQ=255) ttaACTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTtgatga < 1:2217351/150‑1 (MQ=255) aCTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCAAATGAGCCAtttca < 2:1231769/135‑3 (MQ=255) aCTCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCAAATGAGCCAtttca > 1:1231769/1‑133 (MQ=255) tCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATTTCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCt > 2:914757/1‑150 (MQ=255) tCAGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCt < 1:181553/150‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGt > 2:226136/1‑150 (MQ=255) gttgttTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTa > 1:1576452/1‑150 (MQ=255) ttgttTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGGATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGa > 2:1831155/1‑120 (MQ=255) ttgttTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGa < 1:1831155/120‑1 (MQ=255) ttgttTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTAt < 2:814545/150‑1 (MQ=255) ttgttTTCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTAt > 1:1550613/1‑150 (MQ=255) tCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCa < 1:1864745/150‑1 (MQ=255) tCTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCa > 1:474503/1‑150 (MQ=255) cTGTGTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGAGTGCTGGATTTGTCAt < 2:921531/150‑1 (MQ=255) tgtgTAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATg > 2:2110988/1‑150 (MQ=255) gtgtAGCTGTCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGa < 2:350535/150‑1 (MQ=255) tCAGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTAc > 1:401631/1‑150 (MQ=255) aGGGGTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACaa > 1:980859/1‑150 (MQ=255) ggTGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTa < 1:1379782/150‑1 (MQ=255) gTGAGGCTGAAGCGCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAg < 2:1316520/150‑1 (MQ=255) tGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGc < 1:226136/150‑1 (MQ=255) tGAGGCTGAAGCCCGGATGGCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGc > 1:1421061/1‑150 (MQ=255) 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gCTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGCGACGTGGGTGTGGATATTa < 1:2110988/150‑1 (MQ=255) cTTACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTtga > 2:1115009/1‑93 (MQ=255) cTTACGCAAATCAGCGGGGGGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTtga < 1:1115009/93‑1 (MQ=255) ttACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGCGACGTGGGTGTGGATATTAGa < 2:980859/150‑1 (MQ=255) ttACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGCGACGTGGGTGTGGATATTAGa < 2:1421061/150‑1 (MQ=255) ttACGCAAATCAGCGGGGTGGGGGCGGCGAGCAGCCTGAATTCGATGGGGGTTGGAGTGAAATGGCTCATTTGAGCCATTTAAATTGTTTGATGATTTCTGTATTTGTCATGACTACCTTACAAGTAGCGACGTGGGTGTGGATATTAGa > 1:1357058/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |