Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 3,892,965 | T→G | 5.5% | H95Q (CAT→CAG) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,892,965 | 0 | T | G | 5.5% | 316.6 / 8.4 | 109 | H95Q (CAT→CAG) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/52); new base G (3/3); total (54/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ACCTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTACC > NC_002947/3892816‑3893113 | ccTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTACAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATg > 2:881371/1‑150 (MQ=255) cTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATgg > 1:2193715/1‑150 (MQ=255) tGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGgc < 1:238812/150‑1 (MQ=255) cATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAg > 2:1853911/1‑150 (MQ=255) aTGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTTCACGGCATGGTCGGCACGGCCTGACTGCTGGGCGTGCAACTGTGGCTGTTTCGCTCGGCGCCCCTGCATGGGCTCAGc > 1:718408/1‑150 (MQ=255) aTGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGc > 1:1362928/1‑150 (MQ=255) aTGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCATGCAGGGgcgccca < 2:1438325/150‑4 (MQ=255) tGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCATGCAGGGgcgccca > 2:379700/1‑146 (MQ=255) tGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCATGCAGGGgcgccca < 1:379700/149‑4 (MQ=255) gCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCt > 1:1412720/1‑150 (MQ=255) ttGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTgg < 1:1041189/150‑1 (MQ=255) ttGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTgg > 2:802064/1‑150 (MQ=255) ttGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTgg > 1:1439998/1‑150 (MQ=255) gTCTCGAAAGACTGGAATCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGGCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGaa < 2:846319/150‑1 (MQ=255) cGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAgtgt > 1:290933/1‑150 (MQ=255) gAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTc < 2:2283125/150‑1 (MQ=255) aaaCTGGAAGCGGGTGGGCGAACTAATGGGCCGTGTACAACGCACGCAGGTGCTGTTGTTCGGCATGGTTGGCACGTCCTGGCTGATCGGTGTGCAACTTTGGCTTTTTCGCTGTGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGAt < 2:396772/148‑1 (MQ=255) aGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGAt < 2:181832/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGggc < 2:1353210/96‑1 (MQ=255) aCTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTgcgc < 2:1931924/150‑1 (MQ=255) cTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATgg < 2:637571/82‑1 (MQ=255) cTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATgg > 1:637571/1‑82 (MQ=255) gCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCt > 1:1989845/1‑111 (MQ=255) gCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCt < 2:1989845/111‑1 (MQ=255) gCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACt < 1:1218149/150‑1 (MQ=255) gCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACt > 2:2101866/1‑150 (MQ=255) gCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTAACGCCTGCAGACGGTAGGCTTTGACTGCGCCGCACt > 1:864355/1‑150 (MQ=255) tGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTatat < 1:1098713/98‑1 (MQ=255) tGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTatat > 2:1098713/1‑98 (MQ=255) ctctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTg < 2:1306822/150‑1 (MQ=255) ctctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTg < 2:1793783/150‑1 (MQ=255) caggctgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTg < 2:241408/138‑1 (MQ=255) caggctgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTg > 1:241408/7‑144 (MQ=255) tctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATgg > 2:442935/1‑69 (MQ=255) tctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg > 1:1647525/1‑150 (MQ=255) tctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg < 1:881371/150‑1 (MQ=255) tgcgcCCATGCAGGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCa > 1:1742513/2‑150 (MQ=255) ggCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCa > 1:1410541/1‑150 (MQ=255) gcCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGCAGTGTCGCTGGGATATATCCTACGCTGGCTGGCCAGGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGa < 1:2270836/150‑1 (MQ=255) gCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTg > 1:2241238/1‑130 (MQ=255) gCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTg < 2:2241238/130‑1 (MQ=255) gCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTa > 2:2146792/1‑150 (MQ=255) cATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTAc < 2:1819208/150‑1 (MQ=255) aTGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTAcc > 2:1577612/1‑150 (MQ=255) | ACCTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTACC > NC_002947/3892816‑3893113 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |