| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,298,936 | T→A | 6.3% | intergenic (+47/+44) | PP_3770 → / ← PP_3771 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,298,936 | 0 | T | A | 6.3% | 225.2 / 4.6 | 75 | intergenic (+47/+44) | PP_3770/PP_3771 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/38); new base A (3/2); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
TGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCAGAT > NC_002947/4298792‑4299083 | tGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGc > 1:502152/1‑150 (MQ=255)tGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGc > 2:1622373/1‑150 (MQ=255) gCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATATGTTGTGCGGTACTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCtt > 1:1322360/1‑150 (MQ=255) cgtctaaGCCGTGAGCGGCCCGACGCCGCCCCGCGTCTTAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTCGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTGCCTACGGCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCtttttt < 2:2240743/145‑1 (MQ=255) gCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCACTGCCCTGTTGGTCGTGCtttttttt < 2:1375188/150‑1 (MQ=255) caccgacGTCAGCCGACCGATTCCTGCCCGCTCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCACGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTCGTTGTTCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTttc < 2:1084775/144‑1 (MQ=255) gCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTcg > 1:1652380/1‑150 (MQ=255) cGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTcgcg < 2:1331530/150‑1 (MQ=255) 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ccGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGcc < 1:556542/150‑1 (MQ=255) cTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCtttttt > 1:711399/1‑114 (MQ=255) cTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCtttttt < 2:711399/114‑1 (MQ=255) gCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGcc > 2:1010263/1‑150 (MQ=255) ccAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTGTTAGCGCATTGCCCGGGCTGCCCCCCTATGTTTGGCCGc > 2:1111205/1‑150 (MQ=255) aGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCGTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTggagccat < 1:1834738/150‑7 (MQ=255) 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aGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGTCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCTCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTg < 2:341482/150‑1 (MQ=255) ttGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGt < 2:1322360/150‑1 (MQ=255) ttGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGt > 1:1807041/1‑150 (MQ=255) ttGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCAAGCTTACTGGt < 1:1275521/150‑1 (MQ=255) gCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAAATTGGCggg > 1:1190059/1‑80 (MQ=255) gCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAAATTGGCggg < 2:1190059/80‑1 (MQ=255) aaCCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAAATTGGCGGGc > 1:1808841/1‑79 (MQ=255) aaCCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAAATTGGCGGGc < 2:1808841/79‑1 (MQ=255) cAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCAcc < 1:1962196/150‑1 (MQ=255) gCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTAGGCCCTTGTCGCCCGCCAAATTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATg > 1:638347/1‑150 (MQ=255) aCTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGAc < 1:958864/150‑1 (MQ=255) ggTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGAccttgc < 1:911681/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGAccttgcc < 1:782463/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATg < 2:1912528/141‑1 (MQ=255) ttGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATg > 1:1912528/1‑141 (MQ=255) cTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCg > 1:539101/1‑57 (MQ=255) cTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCg < 2:539101/57‑1 (MQ=255) cTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGCCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCa < 1:541402/150‑1 (MQ=255) tGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGCGGTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAg > 2:663890/1‑150 (MQ=255) aaCCGAATTTGTTGTGGGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGcc < 2:862855/150‑1 (MQ=255) aaCCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTAAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGcc > 1:750177/1‑150 (MQ=255) aCCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTACAGCCg < 2:1652380/150‑1 (MQ=255) cGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGGCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGc < 1:1428709/150‑1 (MQ=255) cGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAg < 2:2098352/124‑1 (MQ=255) cGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAg > 1:2098352/1‑124 (MQ=255) tgttgtGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACgg < 2:369568/150‑1 (MQ=255) gtgCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGttt < 2:2283864/86‑1 (MQ=255) gtgCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGttt > 1:2283864/1‑86 (MQ=255) tgCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCttt > 1:1370108/1‑46 (MQ=255) tgCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCttt < 2:1370108/46‑1 (MQ=255) tgCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGt > 1:855635/1‑146 (MQ=255) tgCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGt < 2:855635/146‑1 (MQ=255) gCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCTCCCTACGttt < 2:505765/84‑1 (MQ=255) gCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCTCCCTACGttt > 1:505765/1‑84 (MQ=255) gCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGtcatca < 1:853288/150‑1 (MQ=255) cccTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcg < 1:185595/150‑1 (MQ=255) ccTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgt > 2:1183390/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttagtttcgt > 1:947165/1‑150 (MQ=255) cccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTtcgtttcgtt < 1:1183390/150‑1 (MQ=255) ccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGAccttgcctt < 1:1583177/113‑1 (MQ=255) ccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGAccttgcctt > 2:1583177/1‑113 (MQ=255) ccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgttt > 2:1327149/1‑145 (MQ=255) ccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgttt < 1:1327149/145‑1 (MQ=255) ccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTc < 1:1629264/150‑1 (MQ=255) ccTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTc > 1:1279007/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTcc < 2:1279007/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTg < 1:1010263/150‑1 (MQ=255) cccgccAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGa > 1:1535006/1‑96 (MQ=255) cccgccAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGa < 2:1535006/96‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTTCCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTTCGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGTCGAACAGAt > 2:1840593/1‑150 (MQ=255) | TGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCAGAT > NC_002947/4298792‑4299083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |