| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,360,333 | G→C | 6.0% | A278G (GCC→GGC) | PP_3835 ← | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,360,333 | 0 | G | C | 6.0% | 316.5 / 9.5 | 100 | A278G (GCC→GGC) | PP_3835 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/44); new base C (2/4); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCTCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAC > NC_002947/4360184‑4360481 | gCTCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATgg < 2:74/150‑1 (MQ=255) tCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCAATGCCCGT‑GATGCCAt > 2:1669903/1‑150 (MQ=255) aaGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑a < 2:1160013/150‑1 (MQ=255) aGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑Ac < 2:476118/150‑1 (MQ=255) gATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑Ac < 1:1904844/149‑1 (MQ=255) gATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑Ac > 2:1904844/1‑149 (MQ=255) aTGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACgg < 1:93782/150‑1 (MQ=255) tGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCAATGCCCGT‑GATGCCATCGACggg < 1:1669903/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGc > 2:1510053/1‑150 (MQ=255) cgcgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCa < 1:1510053/150‑1 (MQ=255) gcgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCAt > 2:1480368/1‑150 (MQ=255) gcgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCGTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCAt < 2:715150/150‑1 (MQ=255) cgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCAtg < 1:290062/150‑2 (MQ=255) 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cTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTTAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATc < 2:1796049/150‑1 (MQ=255) gAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGccc < 2:800287/141‑1 (MQ=255) gAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGccc > 1:800287/1‑141 (MQ=255) cACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGAt > 1:548803/1‑150 (MQ=255) cACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGAt < 2:1911814/150‑1 (MQ=255) 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tGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCaa < 2:35077/118‑1 (MQ=255) tGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCa > 1:70869/1‑150 (MQ=255) gCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAg > 1:903735/1‑150 (MQ=255) ggacATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGc > 1:1047100/4‑150 (MQ=255) ggCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACggta > 1:1544320/1‑88 (MQ=255) ggCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACggta < 2:1544320/90‑3 (MQ=255) ggCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGc > 2:168488/1‑150 (MQ=255) ccATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCa > 2:1416050/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGt > 1:1616401/1‑113 (MQ=255) aTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGt < 2:1616401/113‑1 (MQ=255) gCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCAcgcg < 1:343995/150‑1 (MQ=255) ccGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGtt > 2:398906/1‑91 (MQ=255) ccGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGtt < 1:398906/91‑1 (MQ=255) tGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCaa < 2:290851/105‑1 (MQ=255) tGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCaa > 1:290851/1‑105 (MQ=255) ggCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCCGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCATCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAc < 2:2015697/150‑1 (MQ=255) | GCTCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAC > NC_002947/4360184‑4360481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |