| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 432,998 | A→T | 7.6% | intergenic (+20/+27) | PP_0355 → / ← glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 432,998 | 0 | A | T | 7.6% | 277.6 / 12.3 | 92 | intergenic (+20/+27) | PP_0355/glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/39); new base T (4/3); total (50/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
GTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTTGTC > NC_002947/432852‑433147 | gtCGGGCGACACCGCTGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg > 1:629923/1‑150 (MQ=255) ggCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcc < 2:2009484/150‑1 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTgg < 1:1974471/150‑1 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTgg < 2:1019743/150‑1 (MQ=255) gATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAGGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGgcag > 1:1279588/1‑150 (MQ=255) ggAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTGGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAACGTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAt > 2:42519/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTc > 2:2075130/1‑134 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTc < 1:2075130/134‑1 (MQ=255) aaGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgc > 2:1021544/1‑150 (MQ=255) agGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgctgc < 2:2145258/150‑1 (MQ=255) gCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCtt > 1:1107217/1‑150 (MQ=255) tGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACaa > 2:166910/1‑150 (MQ=255) gATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAGGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTa < 2:1279588/150‑1 (MQ=255) aTGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg > 1:1159584/1‑132 (MQ=255) aTGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg < 2:1159584/132‑1 (MQ=255) taaaCCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTACCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTAcg > 1:81378/4‑150 (MQ=255) tGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGgc < 1:624016/123‑1 (MQ=255) tGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGgc > 2:624016/1‑123 (MQ=255) aCCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACgcgc > 1:939609/1‑150 (MQ=255) gggTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGaa < 1:708835/150‑1 (MQ=255) ggACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCgcgg < 2:1107217/150‑1 (MQ=255) cTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCCCGTTGTGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGa < 2:186173/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGAc > 1:1344376/1‑150 (MQ=255) cTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGAcggc > 1:1610920/1‑150 (MQ=255) tGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGAcggcg > 2:1817807/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg < 2:1584174/85‑1 (MQ=255) tCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg > 1:1584174/1‑85 (MQ=255) aaGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCtt > 2:1185064/1‑108 (MQ=255) aaGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCtt < 1:1185064/108‑1 (MQ=255) aaGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCa > 1:2030053/1‑150 (MQ=255) gTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGt > 2:998201/1‑79 (MQ=255) gTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGt < 1:998201/79‑1 (MQ=255) gTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCg > 1:546346/1‑150 (MQ=255) gTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCg > 1:80276/1‑150 (MQ=255) gTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCg > 1:944319/1‑150 (MQ=255) ggATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGGCCGTAAAACGGTccccc > 1:310896/1‑82 (MQ=255) ggATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGGCCGTAAAACGGTccccc < 2:310896/82‑1 (MQ=255) ggATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCCGCAGATGCTGCTTACAACCCGTAACGCGCCTTGAACTCGCGGGGACGGCGGTGGAGTGCCgac > 1:842530/1‑148 (MQ=255) ggATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGc < 1:1389459/150‑1 (MQ=255) tCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgcg < 1:2209536/125‑1 (MQ=255) tCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgcg > 2:2209536/1‑125 (MQ=255) tCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCg > 2:1278712/1‑150 (MQ=255) tGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGt < 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cTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTa > 2:1595073/1‑150 (MQ=255) tGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgc > 2:1147269/1‑89 (MQ=255) tGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgc < 1:1147269/89‑1 (MQ=255) tgaaaTTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTAcgc > 1:925282/3‑75 (MQ=255) tgaaaTTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTAcgc < 2:925282/73‑1 (MQ=255) aaaTTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAg < 2:1610920/150‑1 (MQ=255) aaTTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGt > 1:2098042/1‑150 (MQ=255) 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ccAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCt < 1:1176648/149‑1 (MQ=255) cAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCg > 2:174740/1‑109 (MQ=39) cAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCg < 1:174740/109‑1 (MQ=39) cAGGGGGACCGTACACCGGTCCCTCTGGAAGCAGATGCTGATTACAACACGTTACGCGACTTCAACTCGGGTCGACCGCGGTGCAGTAACAGCTCGGAATACCCGATCGGTCGCTTGCTACCTTGCACTACCAGTTCCACAGCCGCCCgg > 2:610366/1‑150 (MQ=255) aGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCcaca < 2:854011/140‑1 (MQ=255) aGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCcaca > 1:854011/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTGgtc > 1:1073194/1‑150 (MQ=255) | GTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTTGTC > NC_002947/432852‑433147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |