| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,172,353 | T→C | 8.3% | T219A (ACC→GCC) | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,172,353 | 0 | T | C | 8.3% | 238.6 / 9.3 | 86 | T219A (ACC→GCC) | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/39); new base C (3/4); total (43/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
AAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTG > NC_002947/5172205‑5172501 | aaGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtg < 1:181426/150‑1 (MQ=255)aaGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtg > 1:342933/1‑150 (MQ=255) aGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtgg > 1:16996/1‑150 (MQ=255) 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acacCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAc > 2:149299/1‑149 (MQ=255) acacCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTCGCGCGTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCAGCAGGGTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACg > 1:1320949/1‑150 (MQ=255) gtggtACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTg > 2:348083/1‑150 (MQ=255) | AAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTG > NC_002947/5172205‑5172501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |