| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,344,528 | A→G | 7.7% | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,528 | 0 | A | G | 7.7% | 329.6 / 11.3 | 115 | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/52); new base G (6/3); total (60/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCC > NC_002947/5344379‑5344675 | tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTa > 2:1607343/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGCTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAACACCGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:951641/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCCGGCAACGCGTTACCTCGTAg < 1:537718/150‑1 (MQ=255) 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ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:2315293/1‑150 (MQ=255) cgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCtt > 2:1868851/5‑122 (MQ=21) cgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCtt < 1:1868851/118‑1 (MQ=21) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:1128177/125‑1 (MQ=255) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa > 1:1128177/1‑125 (MQ=255) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt < 2:1426902/146‑1 (MQ=255) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:1426902/1‑146 (MQ=255) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 2:1955878/150‑1 (MQ=255) ccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 1:164797/147‑1 (MQ=255) ccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:164797/1‑147 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 2:1769593/150‑1 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGCTCT‑CTTCCGATATAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 2:1939548/150‑1 (MQ=255) gaggtaaCGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAt < 1:1975447/131‑1 (MQ=37) cacgCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt < 1:1576451/138‑1 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 2:1576451/1‑141 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 1:297422/1‑150 (MQ=255) ggCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:319610/1‑150 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTAt < 2:742021/83‑1 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTAt > 1:742021/1‑83 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc < 2:797557/150‑1 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 1:1074935/1‑150 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 1:2292280/131‑1 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAccccc > 2:1579886/1‑150 (MQ=255) | TTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA‑AGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCC > NC_002947/5344379‑5344675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |