| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,370,215 | C→A | 5.7% | A590A (GCG→GCT) | carB ← | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,370,215 | 0 | C | A | 5.7% | 314.2 / 2.0 | 101 | A590A (GCG→GCT) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/39); new base A (3/4); total (58/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TCGGCTTCTCGACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAACTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCGGGTCGACGGGTTGGCCTCGCACTCTTCCTCGTAGGTGGAGTACAGGTAGGCGGTGTCGGT > NC_002947/5370073‑5370364 | tCGGCTTCTCGCCGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTAGAACTA‑AGGGGTATGTTATTGTTCTTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTCACCATGATGGTTTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAggg < 1:1694632/150‑1 (MQ=255) cGGCTTCTCGACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGggc > 1:1034903/1‑150 (MQ=255) cTTCTCGACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCCGCGCCAGggcggc > 2:1188290/1‑150 (MQ=255) ttCTCGACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGgcggcg > 2:1730504/1‑150 (MQ=255) tctcGACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCgt < 2:684377/150‑1 (MQ=255) gACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCTGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTAc > 2:578774/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGATCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACg > 1:2289984/1‑150 (MQ=255) ggCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACgcagc > 1:443141/1‑150 (MQ=255) 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2:1060084/103‑1 (MQ=255) gTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAACTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCgg > 1:1060084/1‑103 (MQ=255) ttCACGCAGCGCGAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAGCTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCGGGTCGACGGGTTGGCCTCGCACTCTTCCTCGTAGGTGGAGTACAGGTAGGc > 2:1894454/1‑150 (MQ=255) tCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAACTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCGGGTCGACGGGTTGGCCTCGCACTCTTCCTCGTAGGTGGAGTACAGGTAGGCg > 1:641159/1‑150 (MQ=255) cACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAACTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCGGGTCGACGGGTTGGCCTCGCACTCTTCCTCGTAGGTGGAGTACAGGTAGGCgg < 1:1816589/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAACTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCGGGTCGACGGGTTGGCCTCGCACTCTTCCTCGTAGGTGGAGTACAGGTAGGCGgtgt > 1:464946/1‑150 (MQ=255) 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TCGGCTTCTCGACGCGGCAGACTTCCAGCACGTCTTCCAGGGTCAGCGGCTCGAAGTACAGGCGGTCGGAAGTG‑TCGTAGTCGGTGGAGACGGTTTCCGGGTTGCAGTTGACCATGATGGTCTCGTAACCGTCTTCACGCAGCGCCAGGGCGGCGTGTACGCAGC‑AGTAGTCGAACTCGATACCTTGGCCGATACGGTTCGGGCCGCCACCCAGGATCATGATCTTGTCGCGGGTCGACGGGTTGGCCTCGCACTCTTCCTCGTAGGTGGAGTACAGGTAGGCGGTGTCGGT > NC_002947/5370073‑5370364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |