| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,432,060 | T→C | 7.9% | V203A (GTG→GCG) ‡ | PP_4771 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,432,060 | 0 | T | C | 7.9% | 258.7 / 8.2 | 91 | V203A (GTG→GCG) ‡ | PP_4771 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/43); new base C (3/4); total (43/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
TTTCATGCGCATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGAACGAAA > NC_002947/5431911‑5432204 | tttCATGCGCATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCgt > 1:14970/1‑150 (MQ=255) ttCATGCGCATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCgtg < 1:772897/150‑1 (MQ=255) ttCATGCGCATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCgtg < 2:1445235/150‑1 (MQ=255) gcgcATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCt < 1:825624/150‑1 (MQ=255) cgcATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCTTGGGACTTTTCAGCACCGTGGTGCTg > 2:544230/1‑150 (MQ=255) catcatGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGGTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTa < 2:173043/150‑1 (MQ=255) atcacGATGTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTTGTCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTAc < 2:894972/150‑1 (MQ=255) atGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGc < 2:786433/150‑1 (MQ=255) atGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCACGGTGCTgaacagc < 1:113881/150‑7 (MQ=255) atGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCACGGTGCTgaacagc < 1:113904/150‑7 (MQ=255) gATCTGCGTCTTAGGCGTTCCGGCTCCGATCTGTTTCATCGTCGGGCTTCTTTTTATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTaaccctt < 1:1248696/150‑7 (MQ=255) tCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGt < 2:1926192/150‑1 (MQ=255) cTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGtt < 2:1956130/150‑1 (MQ=255) tGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTc > 2:2256077/1‑150 (MQ=255) cGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGTGTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCAt < 2:1735412/150‑1 (MQ=255) tCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGt > 1:2049633/1‑150 (MQ=255) tCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATAGCTCCGATATCGTCAATTAACTGCTCCGAGCCATCACCGTGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTCCAACACCGTGTTGCTGTACCGCCTGTTCATGt > 1:1572247/1‑150 (MQ=255) tAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGc < 2:201370/150‑1 (MQ=255) 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tGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAg < 1:650398/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTg < 1:1829608/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGaa > 1:1081538/1‑150 (MQ=255) gcCGATCTGGCTCATCGACGGTCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCgtg > 2:1496609/1‑112 (MQ=255) gcCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGc > 2:2191416/1‑150 (MQ=255) gcCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGACGGAAATGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCgtg < 1:1496609/112‑1 (MQ=255) cTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGCCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCAc < 1:80582/150‑1 (MQ=255) tGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCAcc > 2:2110786/1‑150 (MQ=255) gCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTg > 1:1457629/1‑150 (MQ=255) gCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTg > 1:1457525/1‑150 (MQ=255) cTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGa < 1:1676282/150‑1 (MQ=255) cTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGa < 1:2191416/150‑1 (MQ=255) cTCATAGACGCGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTTTTCAGCACCGTGGTGCTGTCTCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGa < 1:544230/150‑1 (MQ=255) tCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAg > 2:550429/1‑150 (MQ=255) aTCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCGGCACCTGAGGc > 1:1754196/1‑150 (MQ=255) aTCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGc > 2:301259/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGCTGTTGATGGCCTTGCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTACAGCACCACGGTGCTGAAca < 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aGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCgg > 1:915719/1‑87 (MQ=255) aGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCgg < 2:915719/87‑1 (MQ=255) gCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTc > 1:814353/1‑150 (MQ=255) gCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGACCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTa < 2:139143/147‑1 (MQ=255) gCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGACCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTa > 1:139143/1‑147 (MQ=255) cTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGtt > 1:2258769/1‑86 (MQ=255) cTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGtt < 2:2258769/86‑1 (MQ=255) tGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAATGc > 2:996455/1‑150 (MQ=255) cAGCTGTTCAGCAGCGTGGTGCTTTACCTCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCAc < 2:134232/150‑1 (MQ=255) cAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCCGCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCAc > 1:714349/1‑150 (MQ=255) ggtacAGCACCACGGTGCTGAACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATg > 2:1126449/5‑150 (MQ=255) gTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGa > 1:2248004/1‑150 (MQ=255) cAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAATGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGAACg < 1:1737388/150‑1 (MQ=255) aGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCACTTACTCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGAACGa > 1:2261428/1‑150 (MQ=255) cACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGc > 1:1275205/1‑82 (MQ=255) cACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGc < 2:1275205/82‑1 (MQ=255) cACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGAACGaaa < 2:2038839/150‑1 (MQ=255) cACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGAACGaaa < 1:301259/150‑1 (MQ=255) cGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCa < 2:1991729/57‑1 (MQ=255) cGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCa > 1:1991729/1‑57 (MQ=255) | TTTCATGCGCATCATGATCTGCGTCTTAGGCGTGCTGGCGCCGATCTGGCTCATCGACGGGCTGCTGTTGATGGCCTTCCCCGAGCCATCACCTGGGATGGAACTGGCCATGGACAGCCTCAGCGGCTTCCTGCAGCTGTTCAGCACCGTGGTGCTGTACCGCCTGTTCATGTTGCTGGAAGGTGAAGCCAGCACCTGAGGCCACCGGGGAATGTTTTCGACCTGCCGGCTGCCCAGCCCTGGCGCCACAGTGCACATCCTCAATGCTATTCAAGGAGTGCACCATGAACGAAA > NC_002947/5431911‑5432204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |