| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,432,817 | T→A | 5.4% | E832V (GAG→GTG) ‡ | hrpB ← | ATP‑dependent helicase HrpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,432,817 | 0 | T | A | 5.4% | 223.3 / 2.0 | 73 | E832V (GAG→GTG) ‡ | hrpB | ATP‑dependent helicase HrpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/31); new base A (2/2); total (40/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTGAGGCAGGCAGATCGAGCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGACAGCAGGTGCAGCTT > NC_002947/5432669‑5432965 | ttGAGGCAGGCAGATCGAGCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTc < 2:185140/150‑1 (MQ=255)ttGAGGCAGGCAGATCGAGCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTc < 2:1963004/150‑1 (MQ=255) aggcagATCGAGCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGccacc > 2:2080775/1‑150 (MQ=255) cGAGCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGgtc < 2:2329081/150‑1 (MQ=255) gCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCGAGGCTAC‑CG‑CCAGggccaagccgagagggag < 1:1172246‑M2/150‑19 (MQ=255) ttCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCg > 2:200244/1‑150 (MQ=255) cACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTAGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGc > 1:965257/1‑150 (MQ=255) aCTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCGAGGCTAC‑CG‑CCAGggccaagccgagagggagctgat > 2:1172246‑M2/1‑127 (MQ=255) cTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCGAGGCTAC‑CG‑CCAGggccaagccgagagggagc > 2:192303‑M2/1‑126 (MQ=255) cTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCGAGGCTAC‑CG‑CCAGggccaagccgagagggagc < 1:192303‑M2/145‑20 (MQ=255) ggggCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTg > 2:1530044/1‑150 (MQ=255) aaTACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAgg < 2:150501/127‑1 (MQ=255) aaTACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAgg > 1:150501/1‑127 (MQ=255) tACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGTCCGGGCTTGAGTGTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGa < 2:819888/150‑1 (MQ=255) aTGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGccc > 1:302860/1‑150 (MQ=255) gCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCg > 1:176913/1‑137 (MQ=255) gCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCg < 2:176913/137‑1 (MQ=255) aCGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCa < 2:1678711/150‑1 (MQ=255) aCGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTACATCAGCTCCCTGCCGGC‑‑GATGCAGGCGTTGCGTGCTCGTCTACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCa > 1:1694841/1‑150 (MQ=255) gACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAgg > 2:1445161/1‑150 (MQ=255) gACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAgg > 1:1900319/1‑150 (MQ=255) agcACTGACACGGCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGTCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGt < 2:530193/148‑1 (MQ=255) cACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGtct > 2:1793879/1‑150 (MQ=255) acacGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGc > 2:1883344/1‑112 (MQ=255) acacGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGc < 1:1883344/112‑1 (MQ=255) acacGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGAACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGtctttctt > 2:1350821/1‑150 (MQ=255) gtcgtGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTAAGGTCGTTCTTTAcc > 2:650613/1‑150 (MQ=255) aGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCACTTTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAg < 1:512973/150‑1 (MQ=255) gcATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTc < 1:266414/150‑1 (MQ=255) aTGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGt > 1:1825225/1‑150 (MQ=255) tGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATACCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTg > 1:14616/1‑150 (MQ=255) gATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTgc < 1:200244/150‑1 (MQ=255) aTTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTgcg < 1:1530044/150‑1 (MQ=255) ttttttCCGCATGCCGAGCTGGGGGGTGTTCATCAGCTCGCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTTAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTgcgc > 2:513620/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGa > 2:963916/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTga < 2:1603159/150‑2 (MQ=255) tGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGc < 1:963916/150‑1 (MQ=255) ccGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCa > 1:244378/1‑150 (MQ=255) gCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAgg > 2:984254/1‑150 (MQ=255) cACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTc > 2:1343205/1‑101 (MQ=255) cACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTc < 1:1343205/101‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCttt > 2:1744701/1‑97 (MQ=255) tCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCttt < 1:1744701/97‑1 (MQ=255) ggtggtGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTgg < 1:1793879/150‑1 (MQ=255) tCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCAc < 1:1189039/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGtctttc > 2:1862411/1‑93 (MQ=255) cAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGtctttc < 1:1862411/93‑1 (MQ=255) gCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCt < 2:1301260/134‑1 (MQ=255) gCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCt > 1:1301260/1‑134 (MQ=255) cTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGc > 2:1743888/1‑150 (MQ=255) ccTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTg < 1:2103607/131‑1 (MQ=255) ccTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTg > 2:2103607/1‑131 (MQ=255) ctctCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGAc < 1:1350821/150‑1 (MQ=255) tctcGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGAcg > 2:137810/1‑150 (MQ=255) tcGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGAcgcg > 2:1315122/1‑150 (MQ=255) ggCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCag > 1:721735/1‑48 (MQ=255) ggCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCag < 2:721735/48‑1 (MQ=255) tGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTg > 2:2204349/1‑150 (MQ=255) gCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGt < 1:1223888/115‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGt > 2:1223888/1‑115 (MQ=255) cccTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGAca > 1:1283484/1‑150 (MQ=255) cccTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGACCGACGCGCCGGTGAcc > 1:486252/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCa > 2:2065291/1‑110 (MQ=255) ccTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCa < 1:2065291/110‑1 (MQ=255) cTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGAcagc < 1:1743888/150‑1 (MQ=255) tGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCt > 2:331895/1‑114 (MQ=255) tGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCt < 1:331895/114‑1 (MQ=255) tGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGAcagcc > 2:361117/1‑149 (MQ=255) g‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGACAGCAGGTGCAGc < 2:1900319/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCa < 2:2112080/117‑1 (MQ=255) ccTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCa > 1:2112080/1‑117 (MQ=255) cTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGACAGCAGGTGCAGCtt < 2:1825225/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCCGCCGACGCGCCGGTGACAGCAGGGGCAGCtt > 1:2088966/1‑150 (MQ=255) | TTGAGGCAGGCAGATCGAGCTTCACTGGCCGGGGCAATACGATGAATGGCACGACCACTGACACGTCGTGGCCAGCGCATGATTTTTTCGGCCTGCCGCACTCGGTGGTGTGCATCAGCTCCCTCTCGGCTTGGCCCTGGCGGT‑AG‑CCTCGGCCACCAGAGGGTCGTCCGGCCAGTAGTGCTTCGGATATCGCCCTTTCAGGTCTTTCTTCACCTCGGCATAGGTCGTGCGCCAGAAACTGGCCAGGTCCTGGGTCACCTGCACCGGCCGACGCGCCGGTGACAGCAGGTGCAGCTT > NC_002947/5432669‑5432965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |