Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,537,123 | G→C | 5.1% | intergenic (+52/+51) | nadE → / ← PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,537,123 | 0 | G | C | 5.1% | 342.8 / 5.9 | 109 | intergenic (+52/+51) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/48); new base C (2/4); total (56/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAA > NC_002947/5536979‑5537272 | cATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCACGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTGACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCa < 1:1218539‑M2/150‑2 (MQ=255) aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCATCTATCGAAAGACCCGGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCGCTTTGATAAGTGGCTTGCCGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGAGTGACCCCACCGACGCattcgcgg > 2:345625‑M2/1‑142 (MQ=255) aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 2:88958‑M2/1‑142 (MQ=255) 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catcGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGcc < 2:1150392/148‑1 (MQ=255) tcgtcgCAATCTAGCGCAAGAACCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATCAGTGGCCTGCAGGAGCTGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGTGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTGCGCCGTCa < 2:1004159/150‑1 (MQ=38) gCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCtt < 2:2152122/150‑1 (MQ=255) ccGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACt > 2:2206607/1‑150 (MQ=255) gCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 2:1055093‑M2/1‑97 (MQ=255) gCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg < 1:1055093‑M2/105‑9 (MQ=255) 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2:1480138‑M2/1‑28 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacga < 1:1480138‑M2/118‑91 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGt < 2:1565835/125‑1 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGt > 1:1565835/1‑125 (MQ=255) gAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGa < 1:774598/86‑1 (MQ=255) gAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGa > 2:774598/1‑86 (MQ=255) gAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGc < 2:860948/150‑1 (MQ=255) aTACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcccat < 2:313318‑M2/150‑127 (MQ=255) tACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCga < 2:1013430/102‑1 (MQ=255) tACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCga > 1:1013430/1‑102 (MQ=255) tACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTc < 2:1393080/150‑1 (MQ=255) tACGAGGGTGAACCCACCCTCGTattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcccatg < 1:1297577‑M2/150‑128 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGCGATGTGGCCCTGTAAGATGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAg > 2:891771/1‑150 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAg < 2:1453943/150‑1 (MQ=255) aGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAgg > 2:1079293/1‑115 (MQ=255) aGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAgg < 1:1079293/115‑1 (MQ=255) ggTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcccatgcaggaa > 1:313318‑M2/1‑17 (MQ=255) ggTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCtt > 2:730659/1‑150 (MQ=255) ccACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCgaga > 2:2153843/1‑91 (MQ=255) ccACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCgaga < 1:2153843/91‑1 (MQ=255) cACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCa < 1:1544129/109‑1 (MQ=255) cACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCa > 2:1544129/1‑109 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCACCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTc > 1:631425/1‑150 (MQ=255) gACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGaa > 2:385264/1‑150 (MQ=255) | CATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGA‑CCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAA > NC_002947/5536979‑5537272 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |