| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,681 | A→T | 7.8% | intergenic (‑29/+28) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,681 | 0 | A | T | 7.8% | 260.5 / 13.1 | 90 | intergenic (‑29/+28) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/45); new base T (4/3); total (42/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
CCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790532‑5790825 | ccGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGaa > 2:2329713/1‑150 (MQ=255) cGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAg > 2:1980004/1‑150 (MQ=255) gcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGaa > 1:1101821/1‑140 (MQ=255) gcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGaa < 2:1101821/140‑1 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTCA‑GAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTAc < 1:1229494/150‑1 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTAc < 2:1898311/150‑1 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTAc < 1:1673382/150‑1 (MQ=255) tGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACtgtg < 1:420577/150‑1 (MQ=255) cTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgca > 2:818270/1‑150 (MQ=255) 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c‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACAt < 1:2329800/150‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGAt < 2:475299/126‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGAt > 1:475299/1‑126 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTg > 2:252339/1‑132 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTg < 1:252339/132‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATg > 2:2119503/1‑150 (MQ=255) taaaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg > 2:444325/2‑106 (MQ=255) taaaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg < 1:444325/105‑1 (MQ=255) taaaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGc > 2:1381044/2‑150 (MQ=255) aaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGc < 1:1501080/150‑1 (MQ=255) ggCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGcc > 2:1525970/1‑150 (MQ=255) gCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg < 1:1045209/98‑1 (MQ=255) gCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg > 2:1045209/1‑98 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGCCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCCTg > 2:583797/1‑150 (MQ=255) | CCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTAC‑AAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790532‑5790825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |