| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,498 | 0 | G | A | 10.2% | 299.2 / 15.1 | 112 | intergenic (+38/+51) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/53); new base A (6/6); total (53/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCG > NC_002947/5984349‑5984644 | cTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg < 1:1971059/150‑1 (MQ=255)cTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg > 1:866009/1‑150 (MQ=255) ttGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCGTACgg > 1:2320668/1‑150 (MQ=255) 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1:2286741/95‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAg > 2:2286741/1‑95 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc < 1:1347157/134‑1 (MQ=21) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc > 2:1347157/1‑134 (MQ=21) tctTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:1073899/1‑150 (MQ=25) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc > 2:1892511/1‑70 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTAGAGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc < 1:1593620/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGCCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc < 2:2320668/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGCGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc < 1:1892511/70‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAGCCGCTAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 1:542573/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 2:2126576/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg < 2:1924376/137‑1 (MQ=37) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg > 1:1924376/1‑137 (MQ=37) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:1698597/1‑99 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:1698597/99‑1 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACGGTCGGCTGTAGAGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 2:542573/150‑1 (MQ=255) aCCCGCCCCTACAGCCGCCCATAGGAGAAGGTTTACCCGCGCAGAGGCCAGTAAAGGTTTACCTC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:1073899/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCTGCGACATGGAAGGATAAACTCTACCGG‑ACCTCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGGTGCGGTCGTTGGCGATACGCTGCGACAGCATGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:634580/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt < 1:844570/115‑1 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 1:2126576/150‑1 (MQ=255) tcgtACGGTCGGCCGTAGGGGCGGGTTTCCCTGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACGTC‑GGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGATCCCCAGGTTCCGGTAGTCTGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGGCCGTCGATGTCGtt > 2:195646/4‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg > 1:267554/1‑105 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:267554/105‑1 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGcgcg < 2:926512/62‑1 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCAGCTCAGCCGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:777377/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGATTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTACGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:42228/1‑150 (MQ=255) | CTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCG > NC_002947/5984349‑5984644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |