| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 5,984,500 | 0 | T | C | 10.5% | 296.4 / 18.4 | 114 | intergenic (+40/+49) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/54); new base C (6/6); total (54/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAG > NC_002947/5984355‑5984648 | gATCTGTGGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGc < 1:73249/150‑1 (MQ=255)gATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGc < 2:1619210/150‑1 (MQ=255) aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCCGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCCGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGGTCCTACGGTCGGCt > 1:942491/1‑150 (MQ=255) 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gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAGCCGCTAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 1:542573/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 2:2126576/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg < 2:1924376/137‑1 (MQ=37) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg > 1:1924376/1‑137 (MQ=37) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:1698597/99‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:1698597/1‑99 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACGGTCGGCTGTAGAGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 2:542573/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 2:259751/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCCCTACAGCCGCCCATAGGAGAAGGTTTACCCGCGCAGAGGCCAGTAAAGGTTTACCTC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:1073899/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCTGCGACATGGAAGGATAAACTCTACCGG‑ACCTCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGGTGCGGTCGTTGGCGATACGCTGCGACAGCATGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:634580/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt > 2:844570/1‑115 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt < 1:844570/115‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 1:2096586/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 1:700388/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 1:2126576/150‑1 (MQ=255) tcgtACGGTCGGCCGTAGGGGCGGGTTTCCCTGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACGTC‑GGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGATCCCCAGGTTCCGGTAGTCTGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGGCCGTCGATGTCGtt > 2:195646/4‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:267554/105‑1 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg > 1:267554/1‑105 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:65184/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGcgcg > 1:926512/1‑62 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGcgcg < 2:926512/62‑1 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGATTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTACGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:42228/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 2:352946/1‑150 (MQ=255) | GATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAG > NC_002947/5984355‑5984648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |