| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,535 | A→G | 5.5% | intergenic (+75/+14) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,535 | 0 | A | G | 5.5% | 263.6 / 2.4 | 89 | intergenic (+75/+14) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/41); new base G (3/2); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
GGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTC > NC_002947/5984386‑5984684 | gggCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCa < 2:120205/150‑1 (MQ=255)gggCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCa < 1:694955/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg < 2:1516499/150‑1 (MQ=18) gCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAggc > 2:124965/1‑149 (MQ=18) gggCGCTGGTGTCGAAGTTGGGTGGATGCCGCAGTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATCGCCTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGATGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGttt < 2:432971/149‑1 (MQ=38) gcgcTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc > 1:2290296/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc > 2:1320441/1‑150 (MQ=255) tGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑a < 1:2335344/150‑1 (MQ=255) gtCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑Agcgc > 1:1616873/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAgg < 2:1758227/150‑1 (MQ=255) tGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAg < 1:305034/150‑1 (MQ=255) gTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCAGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCTGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAgcgc > 2:1435156/1‑150 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCt < 2:168024/150‑1 (MQ=255) tCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 2:1343388/150‑1 (MQ=255) gtgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcat > 1:2337434/1‑150 (MQ=255) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGACGCCACTACAGGTTTACCTC‑ACCGCGCGGCCCCCCCTGCGTCGCTCTtcctc > 2:2241778/1‑150 (MQ=25) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatc > 2:1651509/1‑150 (MQ=255) tCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAg < 2:759180/150‑1 (MQ=255) 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cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa > 2:2220580/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGAGCGGAGAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa < 1:1918438/150‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAg < 1:2286741/95‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAg > 2:2286741/1‑95 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagcag < 1:1676203/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc > 2:1347157/1‑134 (MQ=21) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc < 1:1347157/134‑1 (MQ=21) tctTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:1073899/1‑150 (MQ=25) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc > 2:1892511/1‑70 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTAGAGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc < 1:1593620/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGCCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc < 2:2320668/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGCGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTAc < 1:1892511/70‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAGCCGCTAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 1:542573/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 2:2126576/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg < 2:1924376/137‑1 (MQ=37) gTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg > 1:1924376/1‑137 (MQ=37) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:1698597/1‑99 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:1698597/99‑1 (MQ=255) 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gTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGt < 2:1900501/150‑1 (MQ=255) ggggCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAACCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCa > 1:547151/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGt < 1:259751/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCTCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:60005/1‑111 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc < 2:60005/111‑1 (MQ=255) gggTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCg > 2:778284/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGtt < 1:910289/81‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGtt > 2:910289/1‑81 (MQ=255) tttACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAg > 2:13614/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCAc < 1:2220580/150‑1 (MQ=255) gcgAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTACGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCg > 2:73182/1‑150 (MQ=255) cgAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGCGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCga < 2:634580/150‑1 (MQ=255) agagGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTTCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGaa < 1:1320441/150‑1 (MQ=255) gagGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCTGGGTGTGGTAGTTGGGGATACGCTTCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCTTGTCGTGGAGTAGTTCGCCGGCCACCGAGAAc < 2:901782/150‑1 (MQ=37) gCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAg > 1:1551566/1‑150 (MQ=255) gCCAGTACAGGTTTACACC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAg > 2:956034/1‑150 (MQ=255) aGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTtc > 1:306739/1‑150 (MQ=255) | GGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATC‑AGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTC > NC_002947/5984386‑5984684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |