| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,130,169 | G→C | 6.9% | A107G (GCC→GGC) | PP_5378 ← | metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,130,169 | 0 | G | C | 6.9% | 314.1 / 10.5 | 100 | A107G (GCC→GGC) | PP_5378 | metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/45); new base C (2/5); total (50/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATCTGCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAGGTTCGGAACCTCGATGTCC > NC_002947/6130022‑6130318 | aTCTGCGGCATTTGCTCAAGGCACGCCACAATACTTGACATGGGCGGCGCTCCCGGTCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCa > 1:293399/1‑150 (MQ=255)aTCTGCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATAACCCAAATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCACCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGAGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCa < 1:775880/150‑1 (MQ=255) tCTGCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCaa < 2:2094733/150‑1 (MQ=255) tCTGCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCaa > 2:2107244/1‑150 (MQ=255) tGCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGa > 1:2082434/1‑150 (MQ=255) gCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTACTGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGCCAAGAt < 1:1119091/150‑1 (MQ=255) gCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGCCAAGATTgg < 2:1022675/150‑1 (MQ=255) aTTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGc < 1:28539/150‑1 (MQ=255) aTTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGc > 1:856269/1‑150 (MQ=255) tttGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGCCAAGATTggttt > 2:560979/1‑147 (MQ=255) gCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAGCGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACAAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTg > 1:1031012/1‑150 (MQ=255) gCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGCCAAGATTggtttaag < 1:560979/150‑7 (MQ=255) cTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACGGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGc > 2:1440533/1‑150 (MQ=255) cAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGCCAAGATTggt < 2:1604782/142‑2 (MQ=255) cAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGCCAAGATTggt > 1:1604782/1‑141 (MQ=255) aaGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCgg > 2:1064433/1‑150 (MQ=255) aaGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATaaa < 1:777/150‑1 (MQ=255) aaGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATaaa < 1:1440533/150‑1 (MQ=255) 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1:472250/1‑93 (MQ=255) cAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGt < 2:1423675/54‑1 (MQ=255) cAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGt > 1:1423675/1‑54 (MQ=255) gAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAg > 2:1429467/1‑102 (MQ=255) gAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAg < 1:1429467/102‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATaa < 2:2138855/150‑1 (MQ=255) cGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAg < 2:1223529/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAgg > 1:2067629/1‑150 (MQ=255) 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cATCGCTTAAACCAACCATGGCAAGATTTGGCGGTGCCGCATAAAGCGCTTCGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTa < 2:1774875/150‑1 (MQ=255) tCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTgggg < 2:628966/79‑1 (MQ=255) tCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTgggg > 1:628966/1‑79 (MQ=255) tCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAgg > 1:2239468/1‑150 (MQ=255) cTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAGGTTc < 1:1698194/150‑1 (MQ=255) cTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATACTTTAGGTTc > 2:1112784/1‑150 (MQ=255) aCCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGtt > 1:1119045/1‑55 (MQ=255) aCCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGtt < 2:1119045/55‑1 (MQ=255) cAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTa > 1:1321409/1‑138 (MQ=255) cAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTa < 2:1321409/138‑1 (MQ=255) cAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAGGTTCGGAACCt > 1:2142518/1‑150 (MQ=255) ttGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAGGTTCGGAACCTCGATg > 1:2318457/1‑150 (MQ=255) gCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAGGTTCGGAACCTCGATGTcc > 2:1845736/1‑150 (MQ=255) | ATCTGCGGCATTTGCTCAAGGAAAGCGACAATACCCCAGATGTACTGATCACCCATGCTCTTGCCCCAAGCGGGCATACCGGTAGCCTTGATACCGTGTTTAATGGTCCAGAACGCAGCTGCGGGGTCATCGCTTAAACCAATCTTGGCAAGATTGGGCGGTGCCGGATAAAGCGCTTGGCTGAGCTCGGTTTTATCCACCCCTGGGGCGAGGTGGCAGCCAATGCACATAGCATTGTAGTTACCGGCACCGGCACGGATAAGGGTTTCATCCTTTAGGTTCGGAACCTCGATGTCC > NC_002947/6130022‑6130318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |