Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,340,125 | 0 | A | G | 44.4% | 83.1 / 152.4 | 130 | intergenic (+66/‑265) | ribAB‑II/PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/39); new base G (25/30); total (58/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCC > NC_002947/4339977‑4340273 | cgccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGac < 1:3216941/150‑1 (MQ=255) gccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGaca < 1:4162696/150‑1 (MQ=255) ccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGacac < 2:3990009/150‑1 (MQ=255) aaaTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCTGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGa < 1:2574755/150‑1 (MQ=255) aaaTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGa < 1:3484525/150‑1 (MQ=255) aaTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGTGGTGTcaccctcgca < 2:2151754/150‑7 (MQ=39) aaTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGTGGTGTcaccctcgca < 1:4070628/150‑7 (MQ=39) aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACaccacc < 1:2475887/146‑1 (MQ=255) aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACaccacc > 2:2477508/1‑146 (MQ=255) aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACaccacc > 2:2475887/1‑146 (MQ=255) cgcgGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCAt < 2:4173684/150‑1 (MQ=255) gcgGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTTAACGCGAAAGGGAGGGGGTCACCACCGAAGCaat > 2:1163784/1‑148 (MQ=255) cgGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTc < 1:6468302/150‑1 (MQ=255) 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2:3911071/1‑150 (MQ=25) ccGCGAATGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 2:1640274/1‑150 (MQ=25) ccGCGAATGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGATTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 2:4450278/1‑150 (MQ=25) ccGCGAATGCGTCGGTGGTGTCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATccc > 1:6186533/1‑144 (MQ=25) ccGCGAATGCGTCGGTGGAGTCACCCTCGCATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACAGGGCCCGTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCAGACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATCTGATATCCCGTAGAc > 1:2839489/1‑150 (MQ=25) ccGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAg > 2:5775759/1‑56 (MQ=255) ccGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAGTACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 1:5753769/1‑150 (MQ=255) 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gAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTg > 1:451310/1‑150 (MQ=255) gACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGcc > 1:5555911/1‑150 (MQ=255) | CGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGAT‑GGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCC > NC_002947/4339977‑4340273 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |