Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,499,508 | +C | intergenic (+85/‑79) | trpS → / → zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,499,506 | 1 | . | C | 98.6% | 161.0 / ‑0.3 | 148 | intergenic (+83/‑81) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (59/86); total (60/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCACG‑C‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACG > NC_002947/1499383‑1499624 | ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACCGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg > 1:2059531/1‑125 (MQ=25) ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg > 1:2059263/1‑125 (MQ=25) ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg > 1:2058865/1‑125 (MQ=25) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑c‑cc > 1:2059182/1‑123 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑c‑ccgc > 1:2058921/1‑121 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑c‑ccg > 1:2059077/1‑121 (MQ=21) ccTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGACCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGTGACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑c < 1:2058605/119‑1 (MQ=21) cTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTcc < 1:2058606/125‑1 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTccc > 1:2059293/1‑123 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGATCTGGCGTGCCCGCGCAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCca > 1:2059144/1‑123 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCcac > 1:2059027/1‑124 (MQ=18) gAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CAGGCACGCC‑CGCTCCcac > 1:2059357/1‑122 (MQ=18) aaGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGAc > 1:2059272/1‑125 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGATGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAg < 1:2058611/122‑1 (MQ=18) gCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCcac > 1:2059203/1‑119 (MQ=17) ccTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGa > 1:2059016/1‑125 (MQ=18) 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caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCa < 1:2058626/125‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 1:2058628/125‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCAt < 1:2058630/124‑1 (MQ=18) cacaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGCGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTg > 1:2059084/1‑115 (MQ=17) agcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGc < 1:2058635/125‑1 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCg < 1:2058636/125‑1 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCg > 1:2059036/1‑125 (MQ=18) ggACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCggg > 1:2059106/1‑124 (MQ=18) ggACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGc > 1:2059013/1‑125 (MQ=18) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAGGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc < 1:2058640/125‑1 (MQ=17) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 1:2058979/1‑125 (MQ=18) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 1:2059059/1‑125 (MQ=18) 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gggAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGcc < 1:2058688/124‑1 (MQ=18) gggAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGcc < 1:2058692/124‑1 (MQ=18) gCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGTGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtt < 1:2058699/124‑1 (MQ=18) gCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtt < 1:2058696/124‑1 (MQ=18) gCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtt < 1:2058701/124‑1 (MQ=18) cGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtttt < 1:2058703/125‑1 (MQ=21) 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tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt > 1:2059396/7‑123 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa > 1:2058893/7‑125 (MQ=37) accGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 1:2058766/123‑1 (MQ=38) ccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACg < 1:2058760/124‑1 (MQ=38) cGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGc < 1:2058767/125‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCGCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCt > 1:2058879/1‑125 (MQ=38) gCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTa < 1:2058773/125‑1 (MQ=38) cTTTGCCGGTGTT‑CGCGGCCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGACCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCACGACTCCCTTGGAACGCTAt < 1:2058776/125‑1 (MQ=37) tttGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATc > 1:2059320/1‑125 (MQ=38) ttGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa < 1:2058777/125‑1 (MQ=39) gCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa > 1:2059345/1‑124 (MQ=39) gCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa > 1:2059199/1‑124 (MQ=39) gCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa < 1:2058780/124‑1 (MQ=39) gttcgcGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGAt < 1:2058794/119‑1 (MQ=255) cGGGCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGaaa < 1:2058789/125‑1 (MQ=255) gggCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAAc < 1:2058803/125‑1 (MQ=255) gggCACG‑CTCGCTCCCACAGACGGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGaa < 1:2058800/123‑1 (MQ=255) ggCACGCC‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAAc > 1:2059245/1‑124 (MQ=255) | TTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCACG‑C‑CGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACG > NC_002947/1499383‑1499624 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |