| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,499,508 | +C | intergenic (+85/‑79) | trpS → / → zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,499,506 | 1 | . | C | 98.1% | 490.2 / 5.3 | 211 | intergenic (+83/‑81) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (79/127); total (81/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCAC‑G‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACG > NC_002947/1499384‑1499624 | tCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑c < 1:1394850/125‑1 (MQ=25) agCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAGCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑cccgc > 2:1395062/1‑122 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑cccgc > 1:1395046/1‑121 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑cccg > 1:1395150/1‑121 (MQ=21) gAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCca < 2:1394852/125‑1 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCcac > 2:1395163/1‑125 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCcac > 1:1395239/1‑124 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCcaca < 1:1394853/125‑1 (MQ=18) cGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCca < 1:1394855/122‑1 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACt > 1:1395107/1‑125 (MQ=18) gCCTTGGCACCACAGCCGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTTCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCTGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTg > 1:1395253/1‑125 (MQ=18) cTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGAt > 2:1395102/1‑125 (MQ=18) tGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAGCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGTCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTg < 1:1394858/125‑1 (MQ=17) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGc > 2:1395151/1‑125 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 2:1394859/125‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt > 1:1395147/1‑125 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 1:1394863/125‑1 (MQ=18) cacaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGTCGCCGCTGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTg > 2:1395092/1‑119 (MQ=17) cacaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTa < 2:1394864/125‑1 (MQ=18) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTaa > 2:1395112/1‑125 (MQ=18) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 2:1394867/119‑1 (MQ=17) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGc < 1:1394870/124‑1 (MQ=18) 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tGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc < 1:1394950/125‑1 (MQ=37) tGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc > 1:1395198/1‑125 (MQ=37) gCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc < 2:1394951/125‑1 (MQ=37) cATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc > 2:1395172/1‑123 (MQ=37) cATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 1:1394954/125‑1 (MQ=37) aTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 1:1394956/124‑1 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa < 2:1394957/119‑1 (MQ=37) ggcagcGGCTTTGCCGCTGTTCG‑CGTGCACTC‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACTGTTACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc < 1:1394994/115‑1 (MQ=255) ggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa > 2:1395278/6‑124 (MQ=37) ggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 2:1394963/120‑1 (MQ=37) gcaccGGCTTTGCCGGTGTTCT‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCCCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGa > 2:1395265/5‑125 (MQ=38) ccGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGaa < 1:1394960/122‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCt < 2:1394966/125‑1 (MQ=38) cTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTAt < 1:1394967/125‑1 (MQ=38) ttGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGc < 2:1394970/120‑1 (MQ=38) ttGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATc > 1:1395273/1‑124 (MQ=38) tGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTAt > 1:1395367/1‑122 (MQ=39) gCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAg < 1:1394971/125‑1 (MQ=39) gttcgcGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATc < 1:1394979/120‑1 (MQ=255) tcgcGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTg < 1:1394976/122‑1 (MQ=255) tcgcGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTg < 2:1394978/122‑1 (MQ=255) cGGGCAC‑GCCC‑GCTCCGACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTa < 1:1394982/45‑1 (MQ=255) gggCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAAc > 2:1395182/1‑125 (MQ=255) ggCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACg < 2:1394985/125‑1 (MQ=255) | TCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCAC‑G‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACG > NC_002947/1499384‑1499624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |