Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 97.0% | 610.4 / 16.6 | 232 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/6); new base C (128/97); total (129/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
AACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCG > NC_002947/1126521‑1126764 | aaCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTa‑aa < 2:1070678/125‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTa‑aa > 1:1071158/1‑125 (MQ=255) aCAGGTCGAAGACGCTCAGGGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑c < 1:1070679/125‑1 (MQ=255) cAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTCGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cc < 1:1070682/125‑1 (MQ=255) ggTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cccg > 1:1070855/1‑123 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cccgc > 2:1070939/1‑122 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cccgc > 2:1070986/1‑121 (MQ=255) cGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cccgctc < 1:1070689/125‑6 (MQ=255) cGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cccgct < 1:1070687/124‑5 (MQ=255) gAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTcc > 1:1071131/1‑125 (MQ=255) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCt > 1:1071036/1‑125 (MQ=255) aGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTa < 2:1070691/125‑1 (MQ=255) gACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTac > 1:1070803/1‑125 (MQ=255) gACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTac > 1:1070851/1‑125 (MQ=255) aCGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTac > 2:1070979/1‑124 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTAcaca > 2:1070943/1‑125 (MQ=255) cTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACag > 2:1070790/1‑125 (MQ=255) cTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACag > 1:1070951/1‑125 (MQ=255) cTCAGGGACATGTGGACCTCCTGCCTGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AG‑cccgctc < 2:1070694/117‑6 (MQ=37) cAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTa < 1:1070696/118‑1 (MQ=255) aGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGc > 1:1071100/1‑125 (MQ=255) aGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGc > 1:1071032/1‑125 (MQ=255) 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1:1070713/125‑1 (MQ=255) cAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTg < 1:1070716/123‑1 (MQ=255) cAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑cccgc < 2:1070715/91‑4 (MQ=255) aGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGc > 1:1071171/1‑124 (MQ=255) gttgttGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCggg > 1:1071020/1‑125 (MQ=255) ttgttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgggg > 1:1071141/1‑125 (MQ=255) tgttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgggg < 2:1070719/124‑1 (MQ=255) 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1:1070772/125‑1 (MQ=255) ataGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGtt > 1:1071286/1‑125 (MQ=255) taGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc > 2:1071079/1‑119 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg < 1:1070775/125‑1 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg < 2:1070777/125‑1 (MQ=255) caccaTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCAACCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGt > 2:1071057/1‑125 (MQ=255) ccaTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCCGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg < 1:1070779/125‑1 (MQ=255) ccaTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 2:1071165/1‑125 (MQ=255) caTCGCATTCGCGGGTACAC‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGTGAGGAGGTCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGtt < 1:1070783/117‑1 (MQ=255) caTCGCATTCGCGGGTA‑ACCCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc < 2:1070781/125‑1 (MQ=255) tCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCg > 1:1071025/1‑125 (MQ=255) cGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGTGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCg > 1:1071088/1‑124 (MQ=255) cGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCg > 2:1071193/1‑124 (MQ=255) cATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAac > 1:1070969/1‑125 (MQ=255) aTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAaca < 2:1070787/125‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAacac > 2:1070857/1‑125 (MQ=255) cgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGt < 1:1070789/125‑1 (MQ=255) gcgGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt > 2:1071047/1‑125 (MQ=255) gcgGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt > 1:1071179/1‑125 (MQ=255) cgGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt > 1:1071081/1‑124 (MQ=255) cgGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTg < 1:1070791/125‑1 (MQ=255) ggTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc > 1:1070995/1‑125 (MQ=255) ggTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 1:1070795/125‑1 (MQ=255) | AACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCG > NC_002947/1126521‑1126764 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |