Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,499,497 | 1 | . | C | 70.0% | 359.6 / 241.0 | 207 | intergenic (+74/‑90) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/56); new base C (79/66); total (85/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCAC‑G‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGC > NC_002947/1499373‑1499612 | gATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGtt < 1:1394838/125‑1 (MQ=255) gCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGtt < 2:1394841/122‑1 (MQ=255) cGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcgcg > 1:1395040/1‑121 (MQ=255) tCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑c < 1:1394850/125‑1 (MQ=25) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑c‑cc > 2:1395110/1‑123 (MQ=21) agCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑c‑ccgc > 1:1395149/1‑122 (MQ=21) gAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCca < 2:1394852/125‑1 (MQ=18) gAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTccc > 2:1395094/1‑124 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCcac > 2:1395163/1‑125 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCcac > 1:1395239/1‑124 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCcaca < 1:1394853/125‑1 (MQ=18) cGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCcaca > 2:1395041/1‑124 (MQ=18) cGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCca < 1:1394855/122‑1 (MQ=18) gAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAg > 1:1394918/1‑124 (MQ=18) gCCTTGGCACCACAGCCGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTTCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCTGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTg > 1:1395253/1‑125 (MQ=18) ttGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTg > 1:1395268/1‑122 (MQ=18) tGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAGCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGTCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTg < 1:1394858/125‑1 (MQ=17) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGc > 2:1395151/1‑125 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 2:1394859/125‑1 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCCGTGCATGGCACCTGCTTTGCCGGTGttcg > 1:1395274/1‑93 (MQ=21) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 2:1394862/125‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 1:1394863/125‑1 (MQ=18) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTaa < 2:1394865/125‑1 (MQ=18) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 1:1394868/123‑1 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCg > 2:1395311/1‑125 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCg < 2:1394869/125‑1 (MQ=18) agGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCggg > 2:1394976/1‑125 (MQ=18) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 1:1395123/1‑125 (MQ=18) cTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTa > 1:1394987/1‑125 (MQ=18) tGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGAc > 1:1395140/1‑102 (MQ=14) tGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTAt < 2:1394874/125‑1 (MQ=18) tGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTAt < 1:1394875/125‑1 (MQ=18) gAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTAt < 1:1394877/124‑1 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCg < 1:1394880/124‑1 (MQ=18) gCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTa < 2:1394881/120‑1 (MQ=17) cTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa > 2:1395070/1‑125 (MQ=18) cTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa > 2:1395121/1‑125 (MQ=18) tGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTAc < 1:1394883/125‑1 (MQ=18) ccAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAg < 1:1394886/125‑1 (MQ=18) cAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCCTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAg > 2:1395231/1‑124 (MQ=18) aaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGa < 2:1394888/125‑1 (MQ=18) aaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGa > 1:1395155/1‑125 (MQ=18) aaCGGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAg < 1:1394889/122‑1 (MQ=18) cGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTg < 2:1394892/122‑1 (MQ=18) ggTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACgg < 1:1394893/125‑1 (MQ=18) gTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGc < 2:1394895/125‑1 (MQ=18) gAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGt > 1:1395295/1‑125 (MQ=18) gggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa < 1:1394902/107‑1 (MQ=17) gggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttttt < 2:1394901/125‑1 (MQ=21) gggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtttt < 1:1394899/124‑1 (MQ=21) ggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtttttt > 1:1395051/1‑125 (MQ=21) ggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtttttt > 2:1395081/1‑125 (MQ=21) cGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGt < 1:1394906/118‑1 (MQ=18) cGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgt > 2:1395000/1‑125 (MQ=21) cGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgt < 1:1394904/125‑1 (MQ=21) gTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGccc > 1:1395108/1‑115 (MQ=21) gTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgtt > 1:1395220/1‑125 (MQ=21) gCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGc < 1:1394909/125‑1 (MQ=25) cccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGcc < 2:1394910/125‑1 (MQ=25) ccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCt < 2:1394918/125‑1 (MQ=25) ccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCt < 2:1394916/125‑1 (MQ=25) ccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCt < 2:1394914/125‑1 (MQ=25) gcgAAACAGGCGCCGCGGTCCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTACCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCGCGTTTTTTGTTGCCTc < 2:1394922/124‑1 (MQ=21) gAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttt < 1:1394923/111‑1 (MQ=21) aaaCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTa < 1:1394926/125‑1 (MQ=25) aaCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTATGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTaa < 2:1394928/125‑1 (MQ=25) aCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAAc < 1:1394930/125‑1 (MQ=25) aGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAAc < 2:1394933/123‑1 (MQ=25) aGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTaa < 2:1394931/122‑1 (MQ=25) ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGa < 2:1394937/124‑1 (MQ=25) 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cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc > 2:1395206/1‑125 (MQ=25) ggTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACt < 2:1394947/125‑1 (MQ=25) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGa < 1:1394949/122‑1 (MQ=25) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑G‑C‑CTGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTc > 1:1395232/1‑125 (MQ=37) tGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc > 1:1395198/1‑125 (MQ=37) gCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc < 2:1394951/125‑1 (MQ=37) gCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc < 1:1394952/124‑1 (MQ=25) cATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc > 2:1395172/1‑123 (MQ=37) cATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt > 2:1395065/1‑125 (MQ=25) cATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 1:1394955/125‑1 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa < 2:1394957/119‑1 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa < 1:1394958/119‑1 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc > 1:1395091/7‑121 (MQ=37) ggcagcGGCTTTGCCGCTGTTCG‑CGTGCACTC‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACTGTTACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc < 1:1394994/115‑1 (MQ=255) ggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa > 2:1395278/6‑124 (MQ=37) gcaccGGCTTTGCCGGTGTTCT‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCCCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGa > 2:1395265/5‑125 (MQ=38) gcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg > 1:1395066/5‑124 (MQ=37) accGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 1:1394962/123‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGc < 2:1394965/124‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCt > 1:1395100/1‑125 (MQ=38) tttGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATc < 1:1394968/125‑1 (MQ=38) ttGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa < 2:1394969/125‑1 (MQ=39) tGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTAt > 1:1395367/1‑122 (MQ=39) gCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑G‑CGC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAg < 1:1394972/125‑1 (MQ=255) | GATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCAC‑G‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGC > NC_002947/1499373‑1499612 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |